Thứ Năm, 3 tháng 12, 2015

CUỘC CHIẾN TRANH 30 NĂM


                        
                          CUỘC CHIẾN TRANH 30 NĂM
                                                     K.W. Taylor

Sự trỗi dậy ở Quy Nhơn
Trong những năm 1770, chiến tranh đã nổ ra giữa những người Việt Nam với nhau. Nguyên nhân trực tiếp là một cuộc nổi dậy ở tỉnh Bình Định chống lại sự cai trị tồi tệ của Trương Phúc Loan. Có những thế hệ ở Bình Định sinh ra đã phải chịu gánh nặng về phục dịch lính, vật tư và giao thông để duy trì chính sách của nhà Nguyễn Phúc ở Đồng bằng sông Cửu Long cũng như ở những vùng núi hoang vu. Bên cạnh đó, sự lớn mạnh của Xiêm La bắt đầu thách thức ảnh hưởng của Việt Nam ở Campuchia và chính quyền Phú Xuân khó lòng có thể vượt lên trên bãi lầy của tham nhũng và lũ quan lại thiếu năng lực, lúc ấy có một lực lượng chính trị mới nổi lên ở Bình Định.
Vào năm 1767, quân xâm lược Miến Điện đã chiếm Ayutthia, thủ đô của Xiêm. Một tỉnh trưởng của Xiêm tên là Taksin sau đó đã đánh đuổi những kẻ xâm lược và cai trị như một ông vua trong 14 năm (1768-1782). Cha của Taskin, là người Triền Châu – Trung Quốc, làm nghề thu thuế ở Xiêm đồng thời cũng sinh hoạt trong một cộng đồng thương gia Trung Quốc ở Xiêm. Taskin đã dành một phần tuổi trẻ của mình buôn bán ở Campuchia và đã học nói được hai thứ tiếng là Khmer và tiếng Việt. Ông bắt đầu trở thành vua của Xiêm La từ Chanthaburi, một tỉnh trên bờ biển phía Đông Nam của Xiêm gần biên giới Campuchia. Sự thông thuộc về Campuchia đã thúc đẩy tham vọng biến người hàng xóm thành chư hầu của ông. Lúc ấy, Taskin đã có được sự ủng hộ từ một hoàng tử Khmer, người được biết đến như Chei Chéttha V, con trai của cực Quốc vương Chie Chéttha IV, đã mất năm 1757.
Vua của Campuchia trong những năm 1760  là Outeireachea III. Chính quyền Việt Nam đã đặt ông lên ngôi vào năm 1758 thông qua sự can thiệp của Mạc Thiên Tứ, chúa đất Hà Tiên. Do đó, giữa hai bên đã có mối quan hệ đồng minh thân thiết. Đầu năm 1768, Taskin điều động một lực lượng quân lính bằng đường biển chiếm đóng đất đai trên bờ biển Campuchia xung quanh Kampot, chỉ cách 40 cây số về phía tây bắc của Hà Tiên, nhưng Outeireachea III đã từ chối cống nạp. Trong năm 1769, Xiêm và lực lượng Khmer đã hộ trợ Chei Chéttha tấn công Outeireachea III, và cùng một lúc, một nhóm người Triền Châu hoạt động như nội gián của Taksin cùng với một vài thành viên của gia đình Mạc Thiên Tứ đã chống lại vua Campuchia. Nhưng rốt cục thì cả cuộc tấn công và âm mưu đều thất bại.
Mạc Thiên Tứ đã có một vị trí vững chắc ở bờ biển Khmer-Việt, trong đó, không bao gồm tuyến đường bộ, là phương pháp lựa chọn của Taksin để đặt Thủ phủ Khmer. Taksin thấy rằng để đánh bại được Outeireachea III, việc đầu tiên phải làm là đối phó với Mạc Thiên Tứ. Năm 1770, hàng trăm người Khmer và Mã Lai  là đồng minh với Taksin, đứng đầu là một kẻ phản bội từ quân đội của Mạc Thiên Tứ, đã tấn công Hà Tiên bằng đường biển. Mạc Thiên Tứ đã giải quyết được thách thức này nhưng nó đã để lại ra sự xáo trộn trong lực lượng của ông. Một số người gốc Hoa ở Hà Tiên bắt đầu thấy hứng thú khi làm ăn kinh doanh với ông vua mang hai dòng máu Triền Châu – Xiêm La và sẵn sàng vứt bỏ sự trung thành của họ với Phú Xuân. Trong năm đó, người dân ở Tây Nguyên, được khuyến khích bởi sự thiếu cảnh giác của Phú Xuân hoặc bởi nội gián của Taskin hay là cả hai, xuất hiện trên những cao nguyên và cướp bóc Quãng Ngãi, nỗi sự hãi và sự lo lắng đã nhanh chóng lan ra những vùng đất dọc bờ biển, từ Quảng Nam đến Phú Yên.
Năm 1771, Taskin đã tấn công bằng đường biển với một đội quân hùng hậu. Ông ta chiếm giữ Hà Tiên và hành quân đến Thủ phủ Khmer tại Oudong, nơi ông đưa Chei Chéttha V lên ngôi. Taskin đã đưa được “con rối” của mình lên ngai vàng Campuchia, do trùng hợp ngẫu nhiên hoặc do sắp đặt, một người tên Nguyễn Nhạc, được hỗ trợ bởi những người ở vùng cao, người Chăm, những thương gia Trung Quốc, và nông dân Việt Nam đã tự thành lập một chính quyền tại An Khê trên trục chính Đông – Tây, tuyến đường thương mại qua Tây Nguyên nối giữa Quy Nhơn với miền Bắc Campuchia và thủ đô Xiêm La. Ông đã phát động một cuộc nổi loạn và do đó đã bắt đầu Cuộc Chiến Tranh 30 Năm.
Đồng bằng sông Cửu Long đang ở giữa những trận chiến giữa những đội quân Khmer và những quân đồng minh Xiêm La và Việt Nam, như một lực lượng viễn chinh lớn của Việt Nam đã được huy động tại Sài Gòn vào cuối năm 1771 đầu 1772. Giữa năm 1772, lực lượng này đã tiến lên thượng nguồn sông Mê Kông và trao lại ngai vàng cho Outeireachea III. Taksin rút binh sĩ của mình đến bờ biển và trở về Xiêm. Nhưng sau đó, ông đã lợi dụng sự hỗn loạn đang bắt đầu lan rộng ở Việt Nam để phục vụ lợi ích của mình tại Campuchia (gây ảnh hưởng lên chính quyền Outeireachea III – ND).
Đầu năm 1773, Nguyễn Nhạc chiếm Quy Nhơn. Ông tuyên bố mình là con cháu của Hồ Quý Ly. Cố nội của ông đã từng là tù nhân trong một cuộc chiến tranh do những người miền Nam khởi xướng và giao tranh tại Nghệ An, trong thời gian những năm 1650 và đã được giải quyết trên biên giới vùng cao của tỉnh Bình Định tại làng tên là Tây Sơn. Họ của ông đã đổi sang họ Nguyễn, tên họ phổ biến nhất ở miền Nam cho những người phải tha phương cầu thực đối với nhà cầm quyền mới. Nguyễn Nhạc là một thương gia trầu lưu và là chân sưu thuế nên đi lại rất nhiều nơi, điều này đã cho ông kiến thức thực tiễn về điều kiện của nhiều vùng khác nhau. Theo như những nhà sử học biết về Nguyễn Nhạc, ông ấy có một nhược điểm là ham mê cờ bạc và có thói quen lấy tiền thu thuế để trả các khoản nợ bạc. Khi điều này bị phát giác bởi chính quyền, ông đã trốn chạy vào núi và tổ chức một cuộc nổi loạn. Nhưng có nhiều điều để nói về cuộc nổi loạn của ông, về việc ông huy động những người dân vùng cao từ Tây Nguyên và ông cũng dựa trên biểu tượng vương quyền của người Chăm để tập hợp rất nhiều người. Hơn nữa ông được sự ủng hộ của cộng đồng thương gia Trung Quốc tại cảng Quy Nhơn. Tây Sơn và An Khê đã liên lạc với cộng đồng thương gia Trung Quốc không chỉ ở dọc bờ biển Quy Nhơn mà còn mở rộng sang phía Tây, ở Campuchia và thủ đô Xiêm La. Việc chiếm giữ Quy Nhơn của Nguyễn Nhạc đã khiến ông trở thành một nhân vật quan trọng trong thế giới chính trị của cộng đồng những người nói tiếng Việt. Ông sẽ cai trị Quy Nhơn cho đến khi qua đời vào năm 1793.
Nguyễn Nhạc đã được hưởng lợi từ những tai ương xảy ra với đất nước với sự phản bội của Trương Phúc Loan, người đã soán ngôi dòng tộc Nguyễn Phúc. Chính vì thế, ông không gặp khó khăn gì khi tuyển mộ binh lính. Ông sử dụng chiến thuật bất ngờ để làm suy yếu kẻ thù, thủ thuật đơn giản như có những người đàn ông hét và làm huyên náo vũ khí của họ khi tấn công. Ông đã tổ chức các đội quân xung kích và đặc biệt là những người đàn ông cao lớn được đưa vào trận chiến với kiểu tóc Thanh, cởi trần với vàng và bạc giấy dán vào cơ thể của họ như đang làm lễ cúng các vị thần. Binh sĩ ở thành Phú Xuân, do không nể phục Trương Phúc Loan, đã chạy sang quân của Nguyễn Nhạc. Đến cuối năm 1773, biên cương của Nguyễn Nhạc đã trải dài từ Quảng Nam đến thành Gia Định.
Nguyễn Cửu Đạt, một người thuộc dòng họ Nguyễn Cửu danh tiếng là tâm phúc của nhà Nguyễn Phúc trong một thế kỷ rưỡi, đã đẩy lùi các cuộc tấn công của Nguyễn Nhạc vào Quảng Nam. Vào đầu năm 1774, quân đội Phú Xuân đặt tại Gia Định bị đẩy về phía Bắc và tái chiếm những vùng lãnh thổ có địa hình đồi núi tại đèo Cả ở địa hạt phía Bắc tỉnh Phú Yên. Nhưng trong một vài tuần tình hình đã thay đổi đáng kể khi Trịnh Sâm quyết định gây chiến về phía Nam.
Mặc dù Nghệ An đang gặp nạn đói, nhưng Trịnh Sâm không thể không tận dụng những khó khăn đang gây khó dễ cho kẻ thù ở phía Nam. Chúa Trịnh đã cho triệu lại vị thái giám tâm phúc Hoàng Ngũ Phúc (mất năm 1775), và cho ông ta chỉ huy một chinh phạt vào phía Nam. Khi đã vượt qua sông Gianh năm 1774, Hoàng Ngũ Phúc cho người đưa tin rằng mình đến để giúp dập tắt quân phiến loạn Nguyễn Nhạc. Ông gặp Sứ giả của nhà Nguyễn Phúc, và vị Sứ giả này đảm bảo với ông rằng điều này là không cần thiết. Nhưng một trong những sứ giả, muốn lật đổ Trương Phúc Loan, đã bí mật giúp đỡ Hoàng Ngũ Phúc hành quân về phương Nam. Tất cả những binh lính tinh nhuệ nhất của quân Nguyễn Phúc đang ở Quảng Nam để chống Nguyễn Nhạc. Đội quân mà sẽ chiến đấu với quân Trịnh là đội quân nhút nhát và có khả năng chiến đấu kém. Sự việc càng khó khăn hơn khi Thuận Hóa đang mắc kẹt trong nạn đói. Một tàu gạo từ Hà Tiên do Mạc Thiên Tứ gửi ra đã bị cướp bởi quân lính của Nguyễn Nhạc. Nhân dân ở Thuận Hóa đã chết rất nhiều và ở nhiều nơi đã có chuyện ăn thịt người. Chính vì thế, khi quân đội Trịnh đến đánh thành Trấn Ninh, quân lính miền Nam đã mở cổng thành và chạy trốn.
Vậy là Hoàng Ngũ Phúc nghiễm nhiên chiếm được thành Trấn Ninh, ông đã đưa ra một thông báo rằng ông không chỉ đến tiểu trừ bọn phiến loạn Nguyễn Nhạc mà còn đánh đuổi sự bạo tàn của Trương Phúc Loan. Ông kêu gọi người dân miền Nam giao nộp Trương Phúc Loan. Một nhóm các hoàng tử Nguyễn Phúc và Nguyễn Cửu Pháp, một thành viên của dòng họ Nguyễn Cửu, đã ra sức truy tìm Trương Phúc Loan và nộp cho Hoàng Ngũ Phúc. Hoàng Ngũ Phúc tiếp tục cuộc Nam tiến với một vị hoàng tử trẻ, Nguyễn Phúc Thuận, và một loạt những hoàng tộc khác, nhẫn nhục trước nhà Trịnh. Trong tháng cuối cùng của năm 1774, Hoàng Ngũ Phúc đã đến Phú Xuân và những người lãnh đạo họ Nguyễn Phúc đã chạy vào Quảng Nam.
Trong vòng vài tuần, lực lượng của Nguyễn Nhạc đã di chuyển lên phía Bắc để tận dụng lợi thế của thành Phú Xuân. Hai thương gia Trung Quốc, Tập Đình và Lý Tài, đã đi theo Nguyễn Nhạc khi ông chiếm được Quy Nhơn vào năm 1773, bên cạnh đó thì đội thủy quân bấy giờ đã có thêm những tên cướp biển nhà Thanh. Lực lượng thủy quân của Nguyễn Nhạc phong tỏa Hội An ở cửa sông Thu Bồn còn lực lượng trên bộ thì hành quân về phía Bắc dọc theo chân núi về phía hạ lưu để hội quân. Nhà Nguyễn Phúc đã bị đánh bại và tìm cách trốn thoát. Nguyễn Phúc Thuần có người cháu trai là Nguyễn Phúc Dương, con trai của một vị Thái tử đã mất năm 1760, đã để lại cho Nguyễn Phúc Dương chỉ huy binh sĩ còn sót lại ở Quang Nam, trong khi ông và nhiều người khác chạy vào Gia Định. Một chiếc thuyền chở tướng quân Nguyễn Phúc đã bị đánh chìm trong một cơn bão, nhưng chiếc tàu chở Nguyễn Phúc Thuần và Nguyễn Phúc Ánh, con trai mười bốn tuổi của Nguyễn Phúc Côn, người được chỉ định thừa kế Nguyễn Phúc Khoát, người mà Trương Phúc Loan đã giết chết năm 1765, đã đến Nha Trang và được chào đón bởi các quan lại trung thành trước khi tiếp tục cuộc hành trình đến Gia Định.
Nguyễn Nhạc đã bắt Nguyễn Phúc Dương ở Quảng Nam một cách nhanh chóng trước khi Hoàng Ngũ Phúc tiến công từ phía Bắc và đẩy ông trở lại địa bàn cũ. Tập Đình, bị đánh bại bởi nhà Trịnh, đã bỏ trốn lên Quảng Đông, nơi nhà Thanh xem ông như là tên cướp biển và đã giết ông. Lý Tài đi theo Nguyễn Nhạc trở lại Quy Nhơn. Nguyễn Phúc Dương thuyết phục Nguyễn Nhạc hợp tác với Nguyễn Phúc Thuần ở Gia Định để đối phó với nhà Trịnh, nhưng Nguyễn Nhạc đã có một ý tưởng là tôn Nguyễn Phúc Dương lên làm vua để có thể tập hợp người dân miền Nam đối phó với nhà Trịnh.  Nguyễn Phúc Dương đã từ chối lời đề nghị này, và trong vài tháng giữa năm 1775, sự may mắn của Nguyễn Nhạc dường như đã hết khi quân lính nhà Trịnh đã đến địa giới phía Bắc tỉnh Quảng Ngãi và quân đội Nguyễn Phúc đã tái chiếm  Phú Yên, phía nam Quy Nhơn. Lý Tài, nghĩ rằng Nguyễn Nhạc đã không đối đãi mình tử tế, đã chạy sang quân Nguyễn Phúc ở Phú Yên.
Dưới sự tấn công của quân nhà Nguyễn Phúc tại Phú Yên ở phía Nam và với quân Trịnh đe dọa từ Quảng Ngãi ở phía Bắc, Nguyễn Nhạc liền gửi một vài vật phẩm tới Hoàng Ngũ Phúc với mong muốn được hòa hoãn. Ông nghĩ  họ Trịnh từ nơi xa đến, không quen địa hình thổ nhưỡng, như một kẻ thù ít nguy hiểm so với quân của Chúa Nguyễn. Hoàng Ngũ Phúc đã gửi một trong những vị tướng của ông, Nguyễn Hữu Chỉnh, để gặp Nguyễn Nhạc và đồng ý với lời mong muốn hòa hoãn, và bổ nhiệm Chỉnh để lãnh đạo đối phó với quân nhà Nguyễn Phúc.
Trong vòng một vài tuần, tình hình đã thay đổi đáng kể khi có một dịch bệnh đã làm điêu đứng quân Trịnh ở Quảng Nam. Hoàng Ngũ Phúc rút về Phú Xuân và chết ngay sau đó. Nhà Trịnh bỏ Quảng Nam, định cư ở Thuận Hóa, và từ bỏ ý định tiến về phía Nam. Nguyễn Nhạc hàng quân lên phía Bắc và tái chiếm Quảng Nam từ tàn quân nhà Nguyễn Phúc khi nhà Trịnh rút đi. Đồng thời, người em trai của Nguyễn Nhạc – Nguyễn Huệ, đã tấn công xuống miền Nam vào Phú Yên và đặt một hệ thống phòng thủ đối với nhà Nguyễn Phúc.
Nguyễn Nhạc đã nhanh chóng tận dụng lợi thế của thời cơ hiếm có này. Vào đầu năm 1776, ông đã ra lệnh cho người em trai Nguyễn Lữ hành quân xuống chinh phạt Gia Định. Nguyễn Lữ chiếm được Sài Gòn. Một tâm phúc của nhà Nguyễn Phúc, Bùi Hữu Lê, đã bị bắt và sau đó trở nên nổi tiếng khi đã mắng thẳng vào mặt một trong những vị tướng của Nguyễn Lữ, đã khiến người này tức điên lên, sau đó đã giết và ăn thịt ông.
Vui mừng với những chiến thắng liên tiếp ở Quảng Nam và Gia Định, Nguyễn Nhạc, vào mùa xuân năm 1776, tuyên bố lên ngôi Hoàng đế của Tây Sơn ở thành Chà Bàn, kinh đô cũ của người Chăm cổ Vijaya, khoảng hai mươi lăm cây số về phía Tây Bắc của Quy Nhơn, gần thị trấn sầm uất An Nhơn. Ở đây, ông đã cai trị trong 17 năm tiếp theo. Nhưng chỉ hai tháng sau, tướng nhà Nguyễn Phúc ở Mỹ Tho, Đỗ Thanh Nhân, đã chiếm lại Sài Gòn, nhà Nguyễn Phúc phải chạy trở về Quy Nhơn. Trong năm tiếp theo, từ giữa năm 1776 đến giữa năm 1777, việc cai quản của nhà Nguyễn tại Sài Gòn gặp vấn đề khi Lý Tài từ Phú Yên đến và  giữa Lý Tài và Đỗ Thanh Nhân xảy ra mối bất hòa.  Khi Nguyễn Phúc Dương đến Sài Gòn sau khi chạy thoát khỏi Nguyễn Nhạc, Lý Tài đã tôn xung ông lên làm Vua và lấn át lực lượng của Nguyễn Phúc Thuần. Tại Mỹ Tho, Đỗ Thành Nhân (mất năm 1781) và Nguyễn Phúc Ánh vẫn đi theo Nguyễn Phúc Thuần, “ông vua chính thống”.
Trong cuộc giao tranh với Nguyễn Lữ hồi đầu năm, Nguyễn Phúc Thuần kêu gọi sự ủng hộ từ Campuchia. Vào năm trước, 1775, Outereachea III bình thường hóa quan hệ với ứng viên của Taksin cho Vương triều Khmer, Chei Chéttha V. Chei Chéttha V trở thành Vua và Outeireachea III lui về “nghỉ ngơi”. Trong năm 1776, Chei Chéttha V từ chối lời khẩn cầu của Nguyễn Phúc Thuần. Đến cuối năm, Nguyễn Phúc Ánh đã chỉ huy một đoàn quân đi ngược dòng Mê Kông trừng phạt ông vua Khmer này. Mặc dù chỉ mới mười bốn tuổi, ông đã tổ chức quân đội của mình, ông đã cho thấy phẩm chất khác thường của một nhà lãnh đạo bẩm sinh.
Sau năm năm chiến đấu, hai chế độ Việt Nam đã trở thành ba. Miền Bắc đến Thuận Hóa nhưng không có khả năng di chuyển xa hơn nữa. Lãnh thổ của Nguyễn Nhạc miền Bắc từ đèo Hải Vân đến vùng đất khô nóng Bình Thuận ở phía Nam. Tàn dư của tôn thất nhà Nguyễn Phúc và những người theo họ cố gắng xây dựng một trung tâm quyền lực mới ở Sài Gòn. Đây không phải là cuộc chiến giữa miền Bắc và miền Nam. Đối với hầu hết các giai đoạn, miền Bắc đã quan sát một cách thụ động trong cuộc chiến này, vì một tập đoàn không có khả năng lãnh đạo, rối loạn bộ máy và nhân dân không còn tin tưởng và chế độ. Điều này đã khiến cuộc chiến tranh giữa hai nhóm người miền Nam có bản doanh tại Quy Nhơn và Sài Gòn. Vị trí quan trọng của Sài Gòn ngày càng thể hiện qua cuộc chiến tranh. Trong giai đoạn đầu của cuộc chiến, việc kiểm soát được Sài Gòn xem như là chiến lợi phẩm của bên thắng trận.

Sự hồi sinh của nhà Nguyễn và sự suy tàn của nhà Trịnh
Mùa xuân năm 1777, Nguyễn Nhạc đã cử Nguyễn Huệ chinh phạt Sài Gòn với một lực lượng thủy quân lớn. Trong 6 tháng, Nguyễn Huệ đã đánh bại tất cả quân đội của nhà Nguyễn Phúc, bao gồm cả quân của Mạc Thiên Tứ và quân tiếp viện từ Phú Yên. Nguyễn Phúc Thuần, Nguyễn Phúc Dương, và hầu hết những Hoàng tộc nhà Nguyễn Phúc đều bị bắt hoặc bị giết hại, trong đó có Lý Tài. Mạc Thiên Tứ đã chạy trốn sang Xiêm La. Nguyễn Phúc Ánh chạy trốn rất vất vả mới ra được đảo Thổ Chu, cách Mũi Cà Mau 150km về phía tây. Trong thời gian ngắn ông đã tìm được nơi ẩn náu ở một Trường dòng thuộc đất Hà Tiên dưới sự quản lý của nhà truyền giáo người Pháp tên là Pierre Pigneau (1741 – 1799, còn được biết đến với tên khác là Pigneau de Behaine, và tên Việt Nam là Bá Đa Lộc). Pierre Pigneau đã dành cả cuộc đời của ông để cống hiến cho sự nghiệp của Nguyễn Phúc Ánh. Không lâu sau Nguyễn Huệ đã trở lại Quy Nhơn vào mùa thu năm 1777,  Nguyễn Phúc Ánh đã tập hợp lại những người thân tín với nhà Nguyễn Phúc. Cho đến cuối năm, với sự trợ giúp đắc lực của Đỗ Thanh Nhân, ông đã lấy lại Sài Gòn.
Trong suốt nửa đầu năm 1778, Nguyễn Phúc Ánh đã đẩy lùi tất cả những cuộc tấn công hòng chiếm lại Sài Gòn của nhà Tây Sơn. Nửa năm còn lại, ông tập trung xây dựng lực lượng bộ binh và thủy quân. Năm 1779, ông tạo ra một cơ cấu hành chính để quản lý những nơi đông dân nhất ở đồng bằng sông Cửu Long. Bên cạnh đó, Nguyễn Phúc Anh cũng can thiệp vào Campuchia để tạo ra một chế độ thân thiện với ông. Outeireachea III đã chết năm 1777. Năm 1778, Chei Chéttha V, người có tư tưởng thân Xiêm La, đã cưỡng ép người dân đi lính và bắt họ tham gia đội quân của Taksin nhằm xâm lược Lào. Điều này đã gây ra một cảnh khốn cùng, bất ổn và như một điều tất yếu, sự nổi loạn. Năm 1779, Nguyễn Phúc Ánh gửi Đỗ Thanh Nhân cùng một đội quân để tôn Ang Eng – người con trai 5 tuổi của Outeireachea III, lên làm vua. Chei Chéttha đã bị giết, và một vị hoàng tộc người Việt tên Mou, được bổ nhiệm để làm quan nhiếp chính cho vị vua trẻ.
Năm 1780, Nguyễn Phúc Ánh lúc đấy mới 18 tuổi, đã tuyên bố mình là vua của Sài Gòn. Lãnh thổ của ông mở rộng ở miền Bắc đến tỉnh Phú Yên và chư hầu là Campuchia ở phía Tây. Dọc những con sông và bờ biển, đóng tàu tiếp tục là một lĩnh vực ưu tiên, một thiết kế mới về những con tàu hai khoang  bắt đầu được sản xuất tại Sài Gòn, với tay chèo ở khoang dưới và khoang trên là binh lính. Đỗ Thanh Nhân đã phát minh ra phương tiện tấn công ở địa hình đầm lầy trong khi chống lại sự kháng cự của người Khmer ở Trà Vinh. Sự thành công của Đỗ Thanh Nhân và niềm tin của Nguyễn Phúc Ánh đặt vào ông đã khiến ông trở thành mục tiêu của sự ghen tị, và uy tín của ông đang lên cao đối với binh lính đã khiến cho Nguyễn Phúc Ánh có cảm giác bị đe dọa. Dù có phải  lý do này hay không, vào mùa xuân năm 1781, Đỗ Thanh Nhân bị buộc tội phản bội và bị giết chết. Một cuộc nổi dậy từ những người trung thành với ông ngay sau đó nổ ra và rất khó khăn mới dập tắt được. Ngay sau đó, Nguyễn Phúc Ánh gửi một đội quân lớn để tham gia các trận đánh tại Phú Yên. Với đội thủy quân có đến 80 thuyền chiến, hai trong số chúng được thiết kế theo thiết kế của Châu Âu. Đây là điểm đáng chú ý trong những điều may mắn đến với Nguyễn Phúc Ánh trước nhiều năm gian khổ, phải tha hương cầu thực sau đó.
Từ khi tuyên bố lên ngôi vua năm 1776, Nguyễn Nhạc đã không còn ý chí để tiêu diệt nhà Nguyễn Phúc. Ông đã không còn tập trung sự chú ý vào kẻ thù ở miền Nam vì vẫn còn một mối lo ở miền Bắc, nơi mà ông đang duy trì một thỏa thuận đình chiến khó chịu. Trong những năm tháng này, ông tiếp tục duy trì quyền lực của mình ở ba tỉnh là Bình Định, Quảng Ngãi và Quảng Nam. Biên giới phía Nam đến tỉnh Phú Yên tranh chấp liên miên, trong khi biên giới giữa Quảng Nam và Thuận Hóa cần duy trì một sự phòng bị nghiêm ngặt, quân Trịnh thường có những cuộc đột kích vào Quảng Nam để kiểm tra sự cơ động của quân Tây Sơn và cướp lương thực. Tình trạng này xảy ra trong hai năm 1781 và 1782 như một kết quả tất yếu của một chuỗi các sự kiện liên quan đến sức khỏe yếu ớt và cái chết của Trịnh Sâm.
Cuối thập niên 70 đầu thập niên 80 của thế kỷ XVIII, hạn hán và nạn đói hoành hành ở miền Bắc. Thuế khóa được miễn liên tục ở nông thôn. Trong khi đó vấn đề ruộng đất cũ tiếp tục xảy ra với việc tham ô tiền thu thuế và sự nỗ lực để phục hồi ruộng đất hoang không đạt kết quả. Năm 1776, các loại thuế của hơn một nửa ruộng đất đã đăng ký dành để trả lương cho bộ máy quan lại thay cho tiền. Các quan lại muốn thay đổi hình thức trả lương từ ruộng đất sang tiền, nhưng ngân khố cũng đã cạn kiệt. Cũng năm này, chính quyền cũng đã từ bỏ bất kỳ sự nỗ lực nào để đưa ra giải phát xử lý. Yêu cầu các quan chức cấp tỉnh báo cáo hàng năm về phúc lợi của những người dân đã bị dừng lại với lập luận rằng đó là một thủ tục phiền hà mà lãng phí thời gian và sản xuất không có kết quả. Tuy nhiên, vào năm 1779, tình trạng nạn đói đã khó khăn đến mức không thể phớt lờ, một sắc lệnh đã được ban ra cho chính quyền địa phương để điều tra điều kiện sống của người dân, nhưng điều này cũng không thể hiện điều gì cả. Người dân miền Bắc đã học cách sống chung với sự yếu kém của chính quyền.
Mặc dù không đủ khả năng để giải quyết vấn đề, Trịnh Sâm cũng không thể quên đi niềm mong muốn mãnh liệt trở thành vua. Năm 1777, ông đã gửi một sứ thần sang nhà Thanh để báo cáo về triều đại nhà Lê đã bắt đầu tan vỡ và yêu cầu sự thừa nhận ông như một vị vua. Vị sứ thần này đã rất băn khoăn bởi nhiệm vụ của mình và sau khi khởi hành, ông ấy đã đốt tất cả tài liệu và đã tự tử. Trong những năm này, Ngô Thì Sĩ và đặc biệt là Lê Quý Đôn đã cổ vũ cho việc ăn chơi trác táng của Trịnh Sâm. Lê Quý Đôn và người con trai tai tiếng của ông trở nên nổi tiếng về sự tham nhũng. Người con trai một thời gian ngắn sau đã bị bắt giam vào năm 1775. Năm 1776, Lê Quý Đôn đã dành nhiều tháng ở Thuận Hóa, được giao kiểm tra và báo cáo tình hình ở đây. Năm 1777 ông được cử đi kiểm tra việc đăng ký thuế tại Thanh Hóa. Năm 1778, Trịnh Sâm đã bỏ qua một vụ tố cáo công khai về tình trạng tham nhũng của Lê Quý Đôn và con trai. Năm 1779, Lê Quý Đôn đã có phen điêu đứng khi việc ông ăn hối lộ của một thủ lĩnh miền núi phía Bắc gây ra một cuộc nổi dậy. Thực tế thì một nguồn quan trọng đóng góp vào sự giàu có của Trịnh Sâm là từ những quan lại tham nhũng như Lê Quý Đôn.
Năm 1780, Trịnh Sâm đã hạ bệ người con trai cả Trịnh Khải và thay vào đó là người con trai ốm yếu giữa ông và người thiếp  được ông nuông chiều, lên làm người thừa kế. Mẹ Trịnh Cầu có mối liên hệ mật thiết với gia đình của Hoàng Ngũ Phúc, một danh tướng  đã qua đời. Có tin đồn rằng cháu của Hoàng Ngũ Phúc, Hoàng Đình Bảo, là người yêu của bà và rằng ông dự định giết Trịnh Cầu để lật đổ nhà Trịnh. Nguyễn Khải đã bị bắt giam khi bị phát hiện có âm mưu chống lại Hoàng Đình Bảo. Lê Quý Đôn và bè lũ đã thay mặt Hoàng Đình Bảo. Trong hai năm, tình trạng hỗn loạn này đã làm Trịnh Sâm và Trịnh Cầu suy yếu bởi bệnh tật.
Khi Trịnh Sâm chết vào mùa thu năm 1782, binh lính xứ Thanh - Nghệ đồn trú tại Kẻ Chợ đã giết Hoàng Đình Bảo, phế Trịnh Cầu và đưa Trịnh Khải ra khỏi nhà tù, tôn làm chúa. Khi phá ngục để đưa Trịnh Khải ra thì ba người cháu của vua Lê cũng được cứu. Họ đã bị bỏ tù vào năm 1769 cùng với cha của mình, cựu thái tử Lê Duy Vĩ, kẻ thù thời thơ ấu của Trịnh Sâm. Lê Duy Vĩ đã bị truất ngôi thái tử bởi một người em trai, và bị giết hai năm sau. Vào đầu năm 1783, binh lính đã đưa người con trai trưởng của Lê Duy Vĩ, Lê Duy Khiêm, lúc đấy 18 tuổi, trở thành thái tử, truất ngôi người em trai của Lê Duy Vĩ đã được chọn bởi Trịnh Sâm.
Một thành viên của phe Hoàng Đình Bảo là Nguyễn Hữu Chỉnh, người cũng là tay chân của Hoàng Ngũ Phúc lúc đó là chỉ huy tỉnh Nghệ An. Việc kẻ thù của mình giành được quyền lực tại Kẻ Chợ khiến ông ở một vị trí dễ bị công kích, vì vậy Nguyễn Hữu Chỉnh đã quyết định chạy trốn về phía Nam và đi theo Nguyễn Nhạc. Ông là sứ thần của Hoàng Ngũ Phúc phái tới gặp Nguyễn Nhạc năm 1775 và ngay lập tức ông đã chớp lấy cơ hội này. Ông khuyên Nguyễn Nhạc rằng đây là thời gian thuận lợi để chiếm lấy Thuận Hóa.
Trong khi đó, binh lính xứ Thanh - Nghệ ở Kẻ Chợ đã nắm trong tay quyền hành, bắt đầu chi phối và khủng bố cuộc sống bình thường của người dân với các cuộc bạo loạn và giết người. Năm 1784, Trịnh Khải đã có một kế hoạch bí mật để tăng số binh lính đến từ đồng bằng sông Hồng để tạo sự cân bằng đối với binh lính xứ Thanh – Nghệ, nhưng tin tức đã bị rò rỉ ra ngoài đã khiến ông lúng túng. Những nỗ lực nhằm chấn chỉnh lại quân đội đã thất bại. Họ đã lập một chế độ với sự cướp bóc, không giống với bất kỳ một chế độ thông thường nào. Năm 1785, Bùi Huy Bích (1744-1802), là tiến sỹ năm 1769, ông đã cố gắng để chấn chỉnh lại sự kiêu ngạo của binh lính bằng cách cho các hoạt động của vị vua Lê Duy Diêu xuất hiện nhiều hơn. Ông đã tổ chức những sự kiện lớn ở trong cung vua vào ngày mồng Một và ngày Mười Lăm âm lịch hàng tháng, khi mà Lê Quý Đôn – thân tín của Trịnh Sâm, đã bãi bỏ hơn một thập kỷ trước đó. Nhưng những nghi lễ này không thể thay thế được sức mạnh của binh lính khi đó.
Nhà Trịnh đã từng dựa vào binh lính xứ Thanh – Nghệ để tạo nên sức mạnh, bây giờ đã trở thành điểm yếu đối với quyền lực của nhà Trịnh. Quan lại ở Kẻ Chợ đã rơi vào thế bế tắc, và kẻ thù ở phía Nam thì đang ngày càng mạnh mẽ lên.

Thế lực và sự phân tranh của nhà Tây Sơn
Vua Taksin của Xiêm La không cam chịu với ảnh hưởng đang lên của Việt Nam khi ngồi  lên ngai vàng là Ang Eng với quan nhiếp chính là Mou vào năm 1779. Năm 1780, Taksin đã bị buộc tội âm mưu giết 53 người Việt tị nạn chính trị ở Xiêm, bao gồm cả Mạc Thiên Tứ và một người con trai của Nguyễn Phúc Khoát. Trong suốt mùa đông khô ráo 1781-1782, ông đã cử tướng Charki tấn công Việt Nam và các đồng mình Khmer tại Campuchia. Ở giai đoạn giữa chiến dịch, ông bị lật đổ trong một cuộc đảo chính. Chakri có cuộc gặp gỡ với các vị tướng Việt Nam và đàm phán để chấm dứt xung đột, sau đó quay trở lại Xiêm và lên ngôi vua. Đây là khởi đầu của một liên minh giữa Chakri và Nguyễn Phúc Ánh cho 20 năm tiếp theo, cho đến khi cuộc nội chiến ở Việt Nam kết thúc.
Một thời gian ngắn sau khi quân đội Việt Nam quay về từ Campuchia vào mùa xuân năm 1782, Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ đến với hàng trăm chiến thuyền và hàng ngàn quân lính ở cửa sông Cần Giờ, các lối chính vào sông Sài Gòn và sông Đồng Nai. Quân Tây Sơn tiến lên thượng nguồn đã gặp phải sự kháng cự quyết liệt của chiếc tàu Châu Âu được chỉ huy bởi một người Pháp có tên Việt Nam là Hòe (Manuel). Người đàn ông này là một nhà thám hiểm người Pháp đã được giới thiệu với Nguyễn Phúc Ánh bởi Pierre Pigneau. Ông đã chết với con tàu của mình, và nhà Tây Sơn chiếm được Sài Gòn. Quân Tây Sơn hành quân chống lại Nguyễn Phúc Ánh ở Mỹ Tho, quân nhà Nguyễn từ bờ biển phía Bắc đến và tấn công quân Tây Sơn từ một hướng khác. Trong trận chiến xảy ra sau đó, quân đội dưới sự chỉ huy của một vị tướng từ cộng đồng người Hoa ở Chợ Lớn đã giết một người bà con của Nguyễn Nhạc, vị tướng này rất căm thù Nguyễn Nhạc vì đã giết hơn mười ngàn người trong cộng đồng người Hoa – xác những người đàn ông, phụ nữ và trẻ em ngập trên những con sông. Nguyễn Phúc Ánh buộc phải chạy trốn ra đảo Phú Quốc từ rất sớm, ngoài khơi bờ biển Hà Tiên, ông đã gửi một yêu cầu đến vua Xiêm Chakri để được giúp đỡ.
Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ trở về Qui Nhơn vào giữa mùa hè. Đến mùa thu, Nguyễn Phúc Ánh đã quay trở lại để chiếm Sài Gòn. Trong 6 tháng, ông chuẩn bị một cách vội vã để kịp tiến độ dự kiến phản công quân Tây Sơn đồng thời cũng huy động một đội quân Khmer từ Campuchia. Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ quay trở lại tấn công vào mùa xuân năm 1783, một đội quân lớn đã hành quân đến Gia Định bằng đường biển. Liên quân Khmer – Việt của Nguyễn Phúc Ánh đã bị đánh bại, và lần nữa ông lại chạy trốn ra Phú Quốc.
Lời kêu gọi của Nguyễn Phúc Anh tới Chakri đã được trả lời vào mùa thu năm 1783 với đội quân Xiêm di chuyển qua  Campuchia để tấn công quân Tây Sơn. Quan nhiếp chính ủng hộ Việt Nam, Mou, đã bị giết bởi kẻ thù của mình và được thay thế bằng một nhiếp chính thân với Xiêm, Ben, người đã nhường các tỉnh miền Tây Campuchia cho Xiêm La và gửi vị vua trẻ tuổi, Ang Eng, đến Băng Cốc  để giữ an toàn. Một người em trai của Mou tên là Ten đã tập hợp những thân tín theo Tây Sơn và chống lại sự trỗi dậy của Xiêm. Đội quân thứ hai của Xiêm đến bằng đường biển ở Hà Tiên. Quân Tây Sơn và quân Xiêm đối mặt nhau và đã chiến đấu nhiều trận trong khu vực Sa Đéc cho đến khi người Xiêm buộc phải rút lui vào năm 1783. Tây Sơn tiến vào Phnôm  Pênh và đưa Ten lên ngôi. Người Khmer thân Việt Nam đã tìm thấy sự bảo hộ mới từ nhà Tây Sơn. Trong khi đó, lực lượng Xiêm ở Campuchia đã hộ trợ Ben tại Oudong. Nguyễn Phúc Ánh và thân tín của ông đã được sự che chở của Chakri ở Băng Cốc – thủ đô mới của Xiêm La.
Vào giữa năm 1784, một cuộc chinh phạt rất lớn của Xiêm La đối với nhà Tây Sơn đã diễn ra trên cả đường bộ và đường biển. Quân Xiêm đã đánh bại quân Tây Sơn ở Sa Đéc và tiếp tục xuôi về Mỹ Tho, cửa ngõ vào Sài Gòn. Nguyễn Phúc Ánh phàn nàn với tướng quân Xiêm rằng binh lính của họ đã cướp bóc của cải của người dân địa phương và để lại tiếng xấu cho ông. Các tướng Xiêm không quan tâm tới những điều đó. Không biết gì về các dòng thủy triều ở hạ lưu sông Mê Kông, quân Xiêm đã rơi vào ổ phục kích của quân Tây Sơn trong khi đang chuẩn bị tấn công vào Mỹ Tho bằng đường sông. Trong những tháng Âm lịch cuối cùng của năm, trận Rạch Gầm – Xoài Mút đã đi vào lịch sử, Nguyễn Huệ đã đánh bại cuộc chinh phạt của quân Xiêm và quân Xiêm đã phải chạy thục mạng trên con đường họ đã đến.
Nguyễn Phúc Ánh lại một lần nữa phiêu bạt. Vào cuối năm 1785 ông tìm thấy nơi ẩn náu ở Xiêm La. Ông đã xây dựng một khu ẩn náu bên ngoài Băng Cốc với những người thân tín. Trong vòng vài tháng đã có hàng ngàn người dưới sự chỉ huy của ông. Những năm tiếp theo ông phục vụ như là một đồng minh trung thành của Chakri đồng thời gửi gián điệp để do thám tình hình ở Gia Định. Ông đã lãnh đạo quân đội sử dụng hỏa lực chống lại sự xâm lược của Miến Điện. Khi quân Mã Lai xâm lược phía Nam Xiêm La, ông đã gửi quân đội để giúp đỡ. Sau hai năm sống lưu vong ở Xiêm La, ông đã có cơ hội trở lại Gia Định nhân một sự bất đồng giữa anh em nhà Tây Sơn.
Trong năm 1785, miền Bắc gặp khó khăn với mưa liên tục, côn trùng phá hoại mùa màng, hải tặc tàn phá bờ biển Quảng Yên (nay là Quảng Ninh), giá gạo tăng cao, nạn đói tăng cao. Tại Kẻ Chợ, Trịnh Khải bất lực nhìn binh lính xứ Thanh – Nghệ đóng quân xung quanh thành và đe dọa bộ máy quan lại. Ở Thuận Hóa, quan nhà Trịnh đã không quan tâm tới vấn đề quân đội. Bọn họ dành thời gian để tích cóp tài sản cá nhân từ buôn bán kinh doanh và không quan tâm đến việc bảo vệ biên giới.
Sau khi quân Tây Sơn giành quyền kiểm soát Gia Định và đánh đuổi Nguyễn Phúc Ánh chạy sang Xiêm lưu vong, và sau khi nhận được tin từ miền Bắc nhà Trịnh đang gặp khó khăn, Nguyễn Nhạc quyết định hành động theo lời khuyên của Nguyễn Hữu Chỉnh để đánh chiếm Thuận Hóa và giành lại giang sơn cũ của nhà Nguyễn. Hè năm 1786, Nguyễn Nhạc đã cử Nguyễn Huệ thống lĩnh quân đánh chiếm Thuận Hóa. Nguyễn Hữu Chỉnh và Võ Văn Nhậm chỉ huy bộ binh và Nguyễn Lữ chỉ huy thủy quân. Nhờ sự phản bội của một vài tướng lĩnh cấp cao nhà Trịnh mà việc chiếm Thuận Hóa diễn ra tương đối dễ dàng.
Nguyễn Huệ sau đó đã thực hiện một hành động mang tính quyết định. Nguyễn Hữu Chỉnh và một vài người miền Bắc khác đã thúc giục ông chiếm lấy Kẻ Chợ, chỉ ra rằng chính quyền miền Bắc đang bị xáo trộn nghiêm trọng. Không cần tham khảo ý kiến của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ để Nguyễn Lữ ở lại Phú Xuân và tiếp tục hành quân lên miền Bắc, thông báo rằng mục đích của cuộc hành quân là “phò Lê diệt Trịnh”. Gặp rất ít kháng cự trên đường đi, ông chiếm được Kẻ Chợ trong chưa đầy một tháng. Trịnh Khải chạy trốn và sau đó đã tự tử, quân Tây Sơn đàn áp lính Bắc Hà để ổn định lại trật tự.
Nguyễn Huệ đã đến gặp vua Lê Duy Diêu, người được biết đến như một vị vua tốt bụng và điềm đạm. Ông đã 70 tuổi và sức khỏe rất yếu, ông cố gắng để xoa dịu Nguyễn Huệ bằng cách gả một người con gái của mình cho Nguyễn Huệ. Sau đó ông đột ngột qua đời. Lê Duy Khiêm, vị thái tử 21 tuổi, đã được kế vị. Ngay sau đó,  khi Lê Duy Diêu vừa được chôn cất ở Thanh Hóa, Nguyễn Nhạc xuất hiện, tức giận về cuộc chinh phạt của người em trai Nguyễn Huệ.
Nguyễn Nhạc xem xét tham gia vào công việc phía Bắc là một sai lầm lớn và không có giá trị  như mong đợi là một nơi để cướp bóc, và cướp bóc là những gì mà ông và đội quân của ông đã làm. Nhưng trên tất cả, Nguyễn Nhạc đã không thích việc Nguyễn Huệ đã hành động theo sáng kiến riêng của mình. Về phần mình, Nguyễn Huệ đã bắt đầu nhìn xa hơn góc nhìn của anh trai mình và bực tức vì việc Nguyễn Nhạc cố gắng giữ mình trong vòng kiềm tỏa. Ông cũng hiểu rằng miền Bắc là một nơi khó khăn để để quản lý và ông cần một cơ sở vững chắc ở phía Nam.
Hai anh em đã cãi nhau, và sau đó đã quyết định giải quyết trên chiến trường. Nguyễn Nhạc huy động quân đội ở Gia Định hành quân về phía Bắc để giúp ông. Nguyễn Huệ đã phục kích đội quân ấy ở Phú Yên và buộc đội quân ấy phải ra hàng. Hai anh em đã chiến đấu trong nhiều tháng tại quê nhà Bình Định. Nguyễn Huệ bao vây Nguyễn Nhạc trong Thủ phủ của ông ở Chà Bàn, nhưng hai người đều đã mệt mỏi, và cuối cùng vào đầu năm 1787, hai bên đàm phán trong hòa bình, cùng phân chia quyền lực. Nguyễn Huệ cai quản Thuận Hóa và phía Bắc Quảng Nam. Ông đã đến Phú Xuân và tự xưng là “Bắc Bình Vương”. Nguyễn Nhạc tự xưng là “Trung ương Hoàng đế” ở Chà Bàn và sai Nguyễn Lữ giữ Gia Định.
Việc bất hòa giữa anh em nhà Tây Sơn đã mang đến cho Nguyễn Phúc Ánh cơ hội mà ông chờ bấy lâu. Đầu năm 1787, các cơ sở của ông đã sẵn sàng hành động ở dọc bờ biển Hà Tiên, Rạch Giá, và Cà Mau. Vào đầu thu, ông và những người thân tín của mình rời Xiêm bằng đường biển. Ông tập hợp đội quân của mình ở đảo Hòn Tre ngoài khơi bờ biển Rạch Giá. Lãnh đạo quân Tây Sơn ở các vùng đất dọc bờ biển ở phía Tây Việt Nam đã quy phục ông, hay như một tên cướp biển người Thanh ở Côn Đảo đã làm. Chỉ trong vòng vài tuần, ông đã thu phục được tất cả lãnh thổ phía Nam của hạ lưu sông Mê Kông.
Một cuộc tấn công vội vã vào Sài Gòn đã thất bại, nhưng nó đã khiến Nguyễn Lữ phải sợ hãi mà bỏ chạy vào Qui Nhơn, nơi mà ông đã chết không lâu sau đó. Mặc dù vậy, một số tướng lĩnh Tây Sơn vẫn ở lại và tiếp tục chống cự. Ten, người Khmer thân với Tây Sơn, đã chống lại Nguyễn Phúc Ánh một cách ác liệt. Kẻ thù của Ten, Ben, là người thân với Xiêm La, đã về phe Nguyễn Phúc Ánh. Đến cuối năm, Nguyễn Phúc Ánh đã bắt được Ten và giao nộp cho Xiêm La.
Vào mùa xuân năm 1788, Nguyễn Phúc Ánh đã giành được những chiến thắng liên tiếp trên chiến trường và các đơn vị Tây Sơn ra hàng rất nhiều. Đến mùa hè, Nguyễn Phúc Ánh đã tổ chức lại bộ máy, ban hành luật và các chế độ thuế trong các vùng đất thuộc quyền kiểm soát của ông, đến mùa thu, ông đã lấy lại Sài Gòn và tập trung để cấu trúc lại bộ máy. Tại thời điểm đó, nguyễn Huệ chuẩn bị thực hiện  tham vọng của ông của phía Bắc. Lúc đó, Nguyễn Nhạc chỉ để ý duy trì vùng đất mình cai quản và sự bất lực của Nguyễn Lữ, đã mở đường cho Nguyễn Phúc Ánh trở về từ Xiêm La.

Hoàng đế Quang Trung – Nguyễn Huệ
Khi Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ vội về phía Nam để chống lại nhau vào cuối năm 1786,  Nguyễn Hữu Chỉnh vẫn ở Nghệ An. Nguyễn Huệ giữ lại gia đình của Chỉnh làm con tin và mong đợi Chỉnh sẽ trông coi phía Bắc cho ông. Tại Kẻ Chợ, các tập đoàn du kích tập trung sau Trịnh Bồng - một người em trai của Trịnh Khải, và Trịnh Lê - chú của hai người. Vị vua không cùng phía với Trịnh Bồng và Trịnh Lê đã bị cho ra rìa. Trịnh Bồng là một người lười biếng và thiếu sự nhạy cảm chính trị, nhưng những người ủng hộ ông mong muốn sẽ tái lập lại sự thống trị của nhà Trịnh với chế độ quân chủ. Nhà vua uyên bác nhưng thiếu kinh nghiệm để làm chính trị. Ông muốn khẳng định triều đại của mình nhưng lại không biết làm như thế nào. Khi biết rõ ràng rằng Trịnh Bồng chuẩn bị để tiếm ngôi, ông đã triệu tập Nguyễn Hữu Chỉnh từ Nghệ An ra để dẹp Trịnh Bồng.
Nguyễn Hữu Chỉnh hành quân ra miền Bắc, đánh bại đội quân Trịnh chống lại ông ở Thanh Hóa. Ông đã nắm quyền kiểm soát Kẻ Chợ, Trịnh Bồng và tay chân bỏ trốn. Nguyễn Hữu Chỉnh bắt đầu thay thế vai trò của chúa Trịnh. Nhà vua không hài lòng nhưng cũng đành cam chịu . Mùa hè năm 1787, Nguyễn Huệ đã trở về Phú Xuân sau cuộc chiến đấu với Nguyễn Nhạc. Ông đã xem những hành động của Nguyễn Hữu Chỉnh ở Kẻ Chợ như là sự không tuân phục. Ông cũng cảnh giác với những người thân thiết với anh trai của mình, và Nguyễn Hữu Chỉnh là một người như vậy. Nguyễn Huệ liền cử Võ Văn Nhậm để chiếm lại Nghệ An và triệu hồi Nguyễn Hữu Chỉnh. Nguyễn Hữu Chỉnh đã không về, lấy cớ là đang ở giữa một loạt những chiến dịch chống lại kẻ thù của mình ở miền Bắc, bao gồm cả Trịnh Bồng, người mà cuối cùng đã chạy tới biên giới nhà Thanh. Vua đã gửi một người chú trong hoàng tộc và một người trí thức cao tuổi, người đã từng dạy Nguyễn Hữu Chỉnh để yêu cầu Nguyễn Huệ rút lui ra khỏi Nghệ An. Nguyễn Huệ đã dìm chết hai người ở một con sông và ra lệnh cho Võ Văn Nhậm hành quân về phía Bắc để đánh Nguyễn Hữu Chỉnh.
Vào cuối năm 1787, Võ Văn Nhậm đánh bại Nguyễn Hữu Chỉnh và tiến lên để đánh chiếm Kẻ Chợ. Ông đã bắt và giết Nguyễn Hữu Chỉnh, nhưng nhà vua đã trốn thoát ra vùng ngoại thành, nơi mà rất nhiều tướng lĩnh vẫn ủng hộ ông. Khi Võ Văn Nhậm đang bận rộn để chiến đấu, ông đã gây ra mối hận thù với một vị tướng cấp dưới, Ngô Văn Sở. Ngô Văn Sở đã báo với Nguyễn Huệ rằng Võ Văn Nhậm đã không còn trung thành nữa. Nguyễn Huệ đã tin điều này vì Võ Văn Nhậm là em rể của Nguyễn Nhạc, kẻ địch của ông trong cuộc chiến trước đó. Nguyễn Huệ, chỉ huy một đội kỵ binh, đột nhiên xuất hiện ở Kẻ Chợ vào mùa hè năm 1788. Võ Văn Nhậm cố gắng thanh minh cho sự vô tội của mình nhưng Nguyễn Huệ đã trả lời: “Ngay cả khi người không có tội, ngươi vẫn làm ta lo lắng, và đấy là một trọng tội”. Nguyễn Huệ giết Võ Văn Nhậm và thay thế bằng Ngô Văn Sở. Ông đã gặp các quan lại ở Kẻ Chợ và để lại những người mà ông tin tưởng để đảm đương công việc. Nhận thấy  cần gia tăng binh lính để kiểm soát miền Bắc, ông đã trở lại Phú Xuân để phát triển quân đội.
Trong khi vị vua đang ở ngoại thành và suy nghĩ cách đối phó thì mẹ của ông đã sang nhà Thanh để cầu cứu sự giúp đỡ. Tổng đốc “lưỡng Quảng” (tức là Quảng Đông và Quảng Tây, các tỉnh cực nam của vương triều nhà Thanh), Sun Shiyi, mong muốn đạt được được vinh quang, và ông đã thuyết phục nhà Thanh chấp thuận hành động. Hoàng đế Càn Long (giữ ngôi 1735-1796) đã không quan tâm đến việc mở rộng lãnh thổ ở miền Nam, nhưng nghĩ mình là Thiên Tử  đứng đầu một nước lớn, khi các nước lân bang nguy khốn cũng phải ra tay cứu giúp, ông đã điều động quân lính để hỗ trợ nhà Lê.
Khi vua Lê Duy Khiêm được tin quân Thanh chuẩn bị vượt qua biên giới, ông đã gửi những sứ giả đến để gặp các vị tướng nhà Thanh và dẫn đường họ đến Kẻ Chợ. Mùa thu năm 1788, quân đội nhà Thanh đã chiếm được Kẻ Chợ và Ngô Văn Sở rút về Thanh Hóa. Lê Duy Khiêm về lại cung và thúc giục quân Thanh chuẩn bị để đối phó với Nguyễn Huệ. Quân Thanh đã chủ quan khi đạt được mục tiêu của họ là đưa vua Lê Duy Khiêm chiếm lại được Kẻ Chợ.
Triều đình nhà Thanh không muốn xem một hoạt động nhỏ mở rộng thành một cam kết lớn, và hơn nữa, đã có những nghi ngờ của quan quân nhà Thanh về tương lai của nhà Lê. Quân Thanh đang trong quá trình chuẩn bị để rút lui thì vào Tết Nguyên Đán  năm 1789, Nguyễn Huệ bất ngờ đột kích tiến đánh quân Thanh. Sau khi lên ngôi hoàng đế tại Phú Xuân, ông đã hành quân thần tốc lên phía Bắc và đánh quân Thanh sang bên kia sông Hồng.
Nhờ sự hỗ trợ của các trí thức mà Nguyễn Huệ đã nhanh chóng đàm phán hòa bình với triều đình nhà Thanh, gửi lời xin lỗi, cống nạp, và chấp nhận thuần phục. Một phần trong đó là Nguyễn Huệ nhận lời tham dự lễ mừng thọ 80 của hoàng đế Càn Long năm 1790. Theo các nhà sử học Việt Nam, một người bà con bên ngoại của Nguyễn Huệ là Phạm Công Trị, người rất giống ông, đã đóng giả ông để sang dự lễ mừng thọ. Mặc dù quan quân nhà Thanh biết được điều này, nhưng bọn họ giữ im lặng để tránh bối rối và bất kỳ sự tham gia nào nữa vào công việc ở Việt Nam.
Những gì được biết về Nguyễn Huệ khiến cho việc ông thực hiện các nghi lễ và giao thức nghiêm ngặt tại triều đình nhà Thanh mà không tạo một sự khó chịu. Những điều này như là sự tô điểm của một nước lớn như triều Thanh, nên ông đã quyết định cho người khác đi thay mình. Ngoài ra, Nguyễn Huệ thiếu tin tưởng vào người khác nên ông không thể vắng mặt trong vài tháng được. Trong khi Nguyễn Phúc Ánh dành nhiều năm để tạo một cơ cấu hành chính phức tạp và nâng cấp sức mạnh quân sự  của mình ở Sài Gòn, Nguyễn Huệ, trong suốt 4 năm cai trị ngắn ngủi, ông đã để lại một bộ máy không có nhiều sự thay đổi và đặt sự chú ý của mình vào việc xây dựng kinh đô mới và chuẩn bị để xâm lược nhà Thanh.
Nguyễn Huệ cai trị từ Phú Xuân. Ông bắt đầu xây dựng kinh đô mới ở Nghệ An, gần thành phố hiện đại Vinh bây giờ, nằm giữa Phú Xuân và Kẻ Chợ, nhưng nó không bao giờ được hoàn thành. Không có cải cách hành chính hay dấu hiệu của sự nỗ lực cải cách các vấn đề thông thường của bộ máy, ông đã để sang một bên các biện pháp kiến thiết hệ thống chính quyền mà đã được đưa ra từ các triều đại trước. Chế độ pháp luật và thuế để giữ các hoạt động công cộng đã được các nhóm trí thức nằm trong chính quyền nhà Trịnh trước đây nắm giữ. Một số vị quan duy trì sự trung thành với nhà Lê và từ chối phục vụ hoàng đế mới, nhưng cũng có không ít những người sẵn sàng ra phục vụ. Nguyễn Huệ không đặc biệt quan tâm lắm đến việc quản lý dòng  thu thuế vì ông thu được một nguồn ổn định từ sự giàu có của những tên cướp biển người Thanh mà ông đã đưa vào lực lượng thủy quân và từ việc đánh cướp những con thuyền ở phía Nam biển Đông.
Thay đổi dường như có ý nghĩa nhất là sử dụng ngôn ngữ địa phương trong các văn bản của người Việt (chữ Nôm) thay vì dùng chữ của người Trung Quốc (chữ Hán) trong giáo dục, quản lý, và các văn bản hành chính. Không còn bằng chứng nào về điều này còn hiện hữu, vì Nguyễn Phúc Ánh đã phá hủy tất cả những tàn dư vào đầu thế kỷ XIX. Tuy nhiên, không có lý do gì để nghi ngờ về điều này, chữ Nôm là một xu hướng mới trong văn học của thế kỷ XVIII.
Đóng góp quan trọng đầu tiên của chữ Nôm là đã sử dụng thi pháp Song thất lục bát từ những năm 1790 ở Kẻ Chợ. Đó là Cung Oán Ngâm Khúc của Nguyễn Gia Thiều (1741-1798). Nguyễn Gia Thiều là là cháu ngoại của Trịnh Doanh, người đã giả vờ điên khi Nguyễn Huệ đánh đuổi họ Trịnh ở Kẻ Chợ. Ông đã sáng tác rất nhiều bài thơ, nhưng đáng chú ý nhất là Cung Oán, được viết để nói lên tiếng nói của cung phi sống trong hoàng cung, đã có những khoảnh khắc được vua chú ý, còn sau đó thì sống phần đời còn lại trong sự cô đơn ở hậu cung, trách ông Trời đã quay lưng lại với mình. Sự cùng cực không được giải tỏa này có phần hơi khác so với Chinh phụ ngâm được viết trước đó hàng thế kỷ bởi Đặng Trần Côn, trong đó sự chờ đợi của người vợ được xoa dịu bằng việc cuối cùng người chồng cũng trở về như một anh hùng.
Việc sử dụng chữ Nôm có lẽ là phù hợp với Nguyễn Huệ vì trình độ học vấn và sự nghiệp của mình. Ông có thể đã được học với một người thầy của Nguyễn Nhạc, tên là Trương Văn Hiến, người đã chạy trốn từ Phú Xuân sau khi Trương Phúc Loan giết người anh trai của ông. Nguyễn Huệ chắc chắn đã có một kiến thức cơ bản về chữ Hán, nhưng chữ Nôm thì tiện hơn cho việc giao tiếp, điều hành quân đội và chỉ huy quân lính, là những việc ông biết và làm tốt nhất. Ông đã cố gắng để chuyển từ chữ Hán sang chữ Nôm trong khoa cử và điều hành quan lại, tuy nhiên lại không đạt được kết quả gì đáng kể trong vài năm ông làm hoàng đế.
Nguyễn Huệ có kế hoạch để tấn công nhà Thanh. Thay vì tập trung sự chú ý vào kẻ thù không đội trời chung ở Sài Gòn, ông có mộng tưởng sẽ thôn tính hai tỉnh của nhà Thanh là Quảng Đông và Quảng Tây. Suốt đời ông luôn tìm kiếm những cuộc chiến. Ông đã gửi những đội quân để cướp bóc Lào vào năm 1790 và 1791. Ông đã đánh bại một đội quân nhà Thanh, và điều này khiến ông nghĩ rằng mình có thể đánh bại những đội quân khác. Kế hoạch tấn công phía Bắc luôn gây sự hứng thú với ông hơn là lo lắng về những kẻ thù cũ ở miền Nam, những người mà ông đã từng đánh bại trong quá khứ và ông tin rằng ông có thể đánh bại bất cứ khi nào. Hơn nữa, sự chú ý của ông tập trung cho miền Bắc vì có rất nhiều tàu cướp biển đang đậu ở cảng của ông. Sự bất lực của chính quyền nhà Thanh trong việc bảo vệ bờ biển của hai tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây là một dấu hiệu cho thấy ông có thể dễ dàng chiếm được hai tỉnh này. Ông đã chết năm 1792 ở tuổi 40, vào thời điểm đó ông đã xây dựng những hạm đội tàu lớn để vận chuyển voi chiến đến Quảng Đông và gửi sứ giả đến triều đình nhà Thanh để xin được kết hôn với một công chúa và xin của hồi môn là hai tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây. Khi những vị sứ giả nghe tin về cái chết của ông, họ đã đốt hết tài liệu và quay trở về.
 Nguyễn Huệ, còn được gọi là hoàng đế Quang Trung, đã trở thành một anh hùng trong sử liệu của các sử gia bất chấp sự ngắn ngủi của triều đại ông. Điều này là do sức mạnh về quân sự khi ông đánh bại đội quân Xiêm ở phía nam và quân Thanh ở phía bắc. Tuy nhiên, sự tỏa sáng của ông trên chiến trường  không tương ứng với khả năng điều hành đất nước. Khác với những người đã trở thành người sáng lập các triều  đại, ông đã không dành nhiều tâm trí cho việc xử lý các công việc điều hành đất nước. Trong khi Nguyễn Huệ chiến thắng trong các trận chiến và mơ về tương lai của những cuộc chinh phục ở phía Bắc, thì ở phía Nam, Nguyễn Phúc Ánh bận rộn với việc đặt nền móng cho một chính quyền mới.

Nguyễn Phúc Ánh ở Sài Gòn
Năm 1792, người con trai 11 tuổi của Nguyễn Huệ, Nguyễn Toản, đã được truyền ngôi tại Phú Xuân, và nhiếp chính là người chú bên ngoại, Bùi Đắc Tuyên. Chính quyền của Nguyễn Toản  ngay sau đó đã gặp rắc rối với tranh chấp nội bộ, một thập kỷ sau phải chống lại quân đội của Nguyễn Phúc Ánh, mà thời gian này đang di chuyển và đe dọa Nguyễn Nhạc ở Chà Bàn.
Sau khi lấy lại Sài Gòn lần cuối vào mùa thu năm 1788, Nguyễn Phúc Ánh đã dành gần hai năm để củng cố bộ máy cai trị ở Gia Định và xây dựng lực lượng quân đội. Một trong những mối quan tâm đầu tiên và lâu dài nhất của ông là tình trạng không có luật lệ ở vùng biên giới Gia Định, đặc biệt là sau hơn một thập kỷ chiến tranh. Ngay cả trước khi chiếm lại Sài Gòn, ông đã tăng cường lực lượng quân đội, ông đã chặt đầu hai người phạm tội hãm hiếp và cướp bóc để răn đe. Vào giữa năm 1789, ông điều động binh lính để trấn áp bọn cướp, và đặt những quan chức điều hành tại Mỹ Tho và Vĩnh Long. Ngay sau đó, ông công bố những hình phạt nghiêm khắc đối với bọn cướp, đặc biệt là những người lính đã cướp bóc của người dân. Trong những năm tiếp theo, Nguyễn Phúc Ánh liên tục gửi binh lính để ngăn chặn bọn cướp, ổn định tình hình. Nhân dân còn gặp một mối lo khác là những loài dã thú. Trong năm 1789, đã trao thưởng cho những người giết chết hay bắt được một con hổ ở một ngôi làng gần Biên Hòa, phía Bắc Sài Gòn. Mặt khác, để giúp khôi phục cuộc sống nông nghiệp bình thường, trâu nước đã được gửi đến vùng Mỹ Tho vì rất nhiều loài gia súc đã bị giết chết trong khu vực chiến trận của cuộc chiến tranh.
Thậm chí còn hơn cả sự chấn chỉnh về luật pháp, Nguyễn Phúc Ánh đã tìm cách khuyến khích một chế độ tuân thủ pháp luật và một cuộc sống lành mạnh. Cờ bạc bị cấm ở Việt Nam, mặc dù nó đã được cho phép và đánh thuế những người Trung Quốc. Những trò mê tín dị đoan bị hạn chế để hướng những thầy phù thủy ra thế giới thực, nơi Nguyễn Phúc Ánh đang sắp xếp các nguồn lực xã hội. Ông đã kêu gọi nhân dân chăm chỉ làm việc và lên án thói quen lười biếng. Nam giới có khuynh hướng đi vào chuyện học hành thì được khuyến khích với việc miễn nghĩa vụ quân sự.
Nguyễn Phúc Ánh công bố ân xá cho những người đã bỏ qua lệnh triệu tập của mình lúc ông lần đầu tiên trở về từ Xiêm La năm 1787 để đóng góp nhân lực, vật tư cho công cuộc kiến thiết. Có những người đã đi theo ông từ mùa thu năm 1787 khi ông ở Long Xuyên, họ đã đợi để tập hợp bên cạnh ông khi ông tiến quân tới Vĩnh Long vào đầu hè năm 1788, chỉ bốn tháng trước khi tái chiếm lại Sài Gòn. Sau đó ông đã ra quyết định ân xá cho những công dân tốt, là những người thích nghi với những luật lệ mới được công bố. Ông đã tạo ra một kho thóc mới ở Sài Gòn để giúp đỡ các dòng người tỵ nạn từ miền Bắc vào theo ông. Ông là người có nhãn quan chính trị sâu sắc khi liên tiếp tổ chức những cuộc trưng cầu trên tinh thần công khai cả với bộ máy hành chính và những người dân thường.
Hành động đáng ghi nhận đầu tiên khi ông chiếm lại Sài Gòn là thiết lập lại những buổi chầu nơi ông thường xuyên thảo luận về các vấn đề xã hội với những người trợ lý của ông. Một tháng sau đó ông ban hành quy định về cách thức thích hợp để cho người dân đóng góp ý kiến và khiến nại nếu cần. Có thể các quy tắc đã gây hiệu ứng không tốt cho một cuộc thảo luận mở, một vài tuần sau đó ông công bố một chính sách để khuyến khích mọi người tự do nói lên suy nghĩ của họ, khẳng định rằng không ai bị trừng phạt cho những ý kiến trái chiều. Không lâu sau, một “hòm thư góp ý” đã được đặt ra để tạo thuận lợi cho việc đóng góp ý kiến. Vào mùa xuân năm 1790, Nguyễn Phúc Ánh đã giao nhiệm vụ cho những quan thư lại ghi lại mọi việc trong những buổi thiết triều của ông. Ông được cho là đã quan tâm đến tất cả những chi tiết của bộ máy.
Trong những ngày đầu sau khi chiếm lại Sài Gòn ông đã gửi các quan chức tới tất cả các khu vực hành chính để kiểm tra thuế và hồ sơ quân dịch. Sau đó ngay lập tức công bố một chính sách thuế và thành lập ba bộ để đối phó với việc bổ nhiệm các quan chức dân sự, các vấn đề quân sự và Tòa án. Ông cũng thành lập một Viện Hàn Lâm để soạn thảo các sắc lệnh. Năm 1789, một hệ thống cơ quan chính quyền địa phương được thành lập và nhiều vị trí đã được bổ nhiệm vào các vị trí. Đặc biệt chú ý vào việc khuyến khích nông nghiệp và chính quy hóa chính quyền địa phương. Bất kỳ địa phương nào với ít nhất 40 người Việt được yêu cầu phải có một người đứng đầu để chịu trách nhiệm với các cơ quan của nhà cầm quyền.
Một viên tướng Tây Sơn không thể trốn thoát ra miền Bắc đã tìm cách lánh nạn với những người Khmer ở hạ lưu sông Mê Kông. Vào đầu năm 1789, ông đã buộc phải đầu hàng cùng với một đội quân 1500 người Khmer mà trước đã đi theo nhà Tây Sơn. Những người lính Khmer được phép gia nhập đội quân của Nguyễn Phúc Ánh với điều kiện đóng góp một lượng gạo nhất định. Các quan lại Khmer sau đó được bổ nhiệm để quản lý khu vực dân cư người Khmer ở khu vực mà hiện nay là Trà Vinh và Cần Thơ. Những người Khmer tại nơi ở mới được cung cấp gạo để ổn định cuộc sống và canh tác trong khu vực họ sống.
Những người Việt vô luật lệ thèm muốn đất của người Khmer nên đã khiêu khích gây nên một cuộc nổi dậy vào cuối năm 1789. Năm 1791, Nguyễn Phúc Ánh đã ra sắc lệnh người Việt không được chiếm đất của người Khmer. Người Khmer giữ đất của họ và người Việt phải khai hoang những vùng đất mới để canh tác, trong đó có rất nhiều khu vực phì nhiêu sẵn có. Về phần mình, người Khmer không có quyền để khai khẩn những vùng đất mới. Người Việt và người Khmer được giữ riêng biệt, tách hẳn nhau.Tuy nhiên, năm 1798 Nguyễn Phúc Ánh đã gửi những quan lại để ngăn chặn người Việt chiếm đất của người Khmer và thay vào đó là hướng dẫn họ đi khai hoang.
Nguyễn Phúc Ánh đã để những người Trung Quốc quản lý cộng đồng của họ, mà đã phát triển từ quá trình nhập cư từ thời nhà Minh hàng thế kỷ trước, trong đó có 5 dòng người chính đến từ các nơi là Quảng Đông, Phúc Kiến, Hải Nam, Thượng Hải và Triều Châu. Những cộng đồng người Hoa này có quy định riêng của họ để đăng ký nộp thuế và thực hiện nghĩa vụ quân dịch phù hợp với cách quản trị của người Việt. “Những người tạm trú” gần đây từ nhà Thanh chưa kịp thích nghi với xã hội địa phương và Nguyễn Phúc Ánh đã theo dõi những hoạt động kinh tế mang tính cướp bóc của họ, đặc biệt là họ đã cho người Việt vay tiền với lãi suất cắt cổ dẫn đến sự nô lệ của gia đình người đi vay. Vào giữa năm 1891, luật chống lại việc đưa ra những lãi suất cắt cổ như thế đã được ban hành.
Thuế hải quan đối với tàu buôn trong năm cộng đồng người Hoa đã được cố định với tỷ lệ cao nhất được đặt trên các con tàu của Quảng Đông và Thượng Hải (3300 chuỗi tiền mặt), Phúc Kiến (1400 chuỗi), Triều Châu (1200 chuỗi), và Hải Nam (650 chuỗi). Thương nhân người Hoa mang sắt, kẽm và lưu huỳnh, tất cả những nguyên liệu quan trọng phục vụ cho quân đội, đã được miễn thuế và nhận sự phân phối về gạo, nhưng họ được yêu cầu bán hàng của họ cho nhà cầm quyền. Hình phạt nặng đã được đưa ra nhằm chống lại việc buôn bán hàng lậu ra khỏi Gia Định. Quy định tiền tệ đã được công bố thực thi việc chấp nhận tiền xu bị sứt mẻ để họ sử dụng. Giá đường được quy định để khuyến khích những thương gia châu Âu mang vũ khí để trao đổi thương mại.
Quản lý nguồn lực quân sự là mối quan tâm quan trọng nhất của Nguyễn Phúc Ánh. Vào đầu năm 1789, những người đàn ông được yêu cầu phải đăng ký nghĩa vụ quân sự. Những người đã từng phục vụ trong quân đội Tây Sơn nhưng không đăng ký sẽ bị tử hình. Những người cha mẹ được giữ lại một người con trai ở nhà để chăm sóc cho họ. Hình phạt nặng sẽ được áp dụng cho việc trốn lính đào ngũ sẽ ảnh hưởng tới cả gia đình của họ, và phần thưởng cho những người đã cung cấp thông tin về nơi ở của những kẻ phạm tội. Quân lính được cảnh báo là không làm phiền người dân và quấy rầy các thương gia, và bị cấm mang vũ khí trừ khi đang làm nhiệm vụ. Những người thuộc lĩnh vực đàn ca sáo nhị thì không được ghi danh vào quân ngũ vì Nguyễn Phúc Ánh tin rằng sự hiện diện của họ trong quân đội có thể làm giảm sự dũng cảm, mặc dù họ được phép biểu diễn cho quân lính ở một mức độ hạn chế.
Ngoài đơn vị chính quy, còn có những đơn vị dân quân địa phương. Trong năm 1790, các quy định cho việc thành lập các khu định cư cho cả dân và lính đã được công bố và ưu đãi cho những quan lại đã tổ chức được các khu định cư như vậy trong khu vực Vàm Cỏ thuộc phía Tây Sài Gòn. Theo dự tính ban đầu, huy động nghĩa vụ quân sự đã được lên kế hoạch định kỳ 3 năm, nhưng những hoạt động chiến trường tăng lên trong những năm 1790 khiến việc huy động quân dịch đã trở thành hoạt động hàng năm. Với những đợt nghĩa vụ hàng năm, Nguyễn Phúc Ánh tổ chức hướng dẫn cho quân đội của mình kỷ luật, sự dẻo dai và kỹ năng chiến đấu.
Nguyễn Phúc Ánh đặc biệt chú ý đến hệ thống đảm bảo lương thực cho quân lính của mình. Những kho thóc gạo được thành lập và trong suốt những năm chiến tranh, các quy định cho việc xây dựng kho thóc mới và di chuyển gạo ra chiến trường là một phần của kế hoạch điều động quân. Những trận đánh của Nguyễn Phúc Ánh gần như chắc thắng khi ông ý thức rõ được sự quan trọng của việc cung ứng trong quân đội. Để di chuyển gạo, khí tài và quân đội, những chiếc tàu rất quan trọng, và việc đóng tàu được ưu tiên đặt lên hàng đầu. Không lâu sau khi tái chiếm Sài Gòn vào năm 1788, Nguyễn Phúc Ánh đã điều động binh sỹ xẻ gỗ và vận chuyển đến các nhà máy đóng tàu. Việc duy trì nguồn cung gỗ cho những nhà máy đóng tàu được duy trì trong những năm tiếp theo. Ngành công nghiệp đóng tàu Gia Định, tại Sài Gòn và Mỹ Tho, đã rất phát triển vào những năm 1790, sản xuất hàng trăm tàu với thiết kế sáng tạo đã khiến những nhà lãnh đạo và thương nhân các nước láng giềng thèm muốn.
Côn Đảo được sử dụng như một nơi để chăn nuôi ngựa, những con ngựa sau đó đã được vận chuyển đến Gia Định và huấn luyện để đưa ra chiến trường. Những người thợ  rèn, thợ súng ống, và thợ kim khí các loại đã được đặt dưới sự giám sát của các quan chức cấp cao và huy động để sản xuất vũ khí. Nhiều người được gửi đến Quảng Đông để mua hàng hóa phục vụ cho mục đích quân sự và vũ khí được mua tại các vùng lãnh thổ khác nhau, như Bồ Đào Nha, Ma Cao và Hà Lan. Một nguồn cung cấp vũ khí đáng tin cậy là Vương quốc Hồi giáo Johore, nơi Mahmud Shaz III (1761-1811) duy trì một mối quan hệ thân thiện với Nguyễn Phúc Ánh và giữ một thị trường với súng đạn, lưu huỳnh và nitrat. Trong những năm 1790, Nguyễn Phúc Ánh liên tục gửi những phái đoàn đến đây để mua khí tài chiến tranh.
Trong những năm sống lưu vong, Nguyễn Phúc Ánh đã giao phó con trai cả của ông, Hoàng tử Cảnh, cho nhà truyền giáo người Pháp Pierre Pigneau. Pigneau đề xuất đi đến Pháp để đàm phán một hiệp ước với chính phủ Pháp để có được sự viện trợ quân sự cho sự nghiệp của Nguyễn Phúc Ánh. Hoàng tử Cảnh và hai vị quan của Nguyễn Phúc Ánh đã đi cùng với Pigneau để thực hiện nhiệm vụ này. Sau khi dành phần lớn thời gian của năm 1787 tại Paris, Pigneau bảo đảm một hiệp ước, nhưng cuối cùng nó đã vô giá trị khi chính phủ Pháp bị hạ bệ và đứng bên bờ vực của một cuộc cách mạng. Pigneau và Hoảng tử Cảnh đến vùng Pondicherry của nước Pháp, trên bờ biển Ấn Độ, vào mùa xuân năm 1788. Nhận ra rằng chính phủ Pháp sẽ không tôn trọng hiệp ước, Pigneau dành những năm tiếp theo để huy động tiền bạc và tuyển dụng những người đào ngũ từ lực lượng hải quân Pháp. Ông mua hai tàu buôn, trang bị cho họ, và chở đầy những khí tài quân sự. Điều khiển bởi hơn 100 quân nhân đào ngũ người Pháp, cùng với một vài tình nguyện viên người Bồ Đào Nha và châu Á, các tàu này đã đến Sài Gòn vào mùa hè năm 1789.
Hầu hết những người Pháp đã đến vào dịp này đều đi trong vòng 2,3 năm sau đó, thất vọng bởi việc thiếu cơ hội để làm giàu và phẫn nộ bởi họ cho cho rằng Nguyễn Phúc Ánh đã không làm gì cả.Trong số ít người còn lại vẫn còn khoảng chục sỹ quan hải quân. Người Pháp là nhóm ít nhất trong bộ sưu tập đa dạng không phải người Việt được thấy trong quân đội Nguyễn Phúc Ánh những năm 1790: người Hoa, Chăm, Ê-đê, Mã Lai, Khmer, Xiêm La, Lào và Bồ Đào Nha. Người Pháp rất ít ảnh hưởng, nếu có, là ảnh hưởng đến chính phủ Nguyễn Phúc Ánh hoặc kế hoạch chiến đấu. Nhưng họ đã góp phần vào việc đào tạo và tổ chức một số đơn vị quân đội, đặc biệt là hải quân.
Bốn sĩ quan đã đến với Pigneau để luyện tập hải quân với các bài tập chiến đấu. Trong những năm đầu, họ thường xuyên chỉ huy những con tàu trong hạm đội của Nguyễn Phúc Ánh và đôi khi chỉ huy những trận đánh. Họ là Jean Marie Dayot (1759-1809), Jean Baptiste Chaigneau (1769-1832), Philippe Vannier (1762-1842), và Godefroy de Forsans (mất năm 1811). Dayot là thành viên tích cực trong các vấn đề thuộc hải quân. Với sự giúp đỡ của em trai, ông đã soạn thảo bản đồ bờ biển của Việt Nam. Ông ra đi vào năm 1795 khi Nguyễn Phúc Ánh làm nhục ông vì ông đã vô tình để tàu của mình mắc cạn. Chaigneau và Vannier đã trở thành Việt hóa, đã có những cô vợ người Việt và vẫn phục vụ cho Nguyễn Phúc Ánh sau khi chiến tranh đã kết thúc. Có rất ít thông tin về Forsans, nhưng ông vẫn ở Việt Nam cho đến cuối đời.
Một người Pháp khác đã phục vụ Nguyễn Phúc Ánh là Olivier de Puymanel (1768-1799). Ông đã không đến với Pigneau nhưng đã bị bỏ quên tại Côn Đảo khi một con tàu chiến của nước Pháp đến đây ngay trước sự trở lại của Pigneau và Hoàng tử Cảnh. Ông đã từng được đào tạo như một kỹ sư xây dựng. Năm 1790 ông giám sát việc xây dựng các thành lũy tại Sài Gòn theo như những pháo đài của châu Âu. Theodore Lebrun (ở Sài  Gòn năm 1790-1791), một sỹ quan đã bị bỏ quên từ các hạm đội Pháp, hỗ trợ xây dựng quy hoạch cho thành phố và thành lũy, nhưng ông bất mãn và bỏ đi sau đó một năm. Puymanel đã giúp huấn luyện bộ binh của Nguyễn Phúc Ánh về chiến thuật và đào tạo họ về việc cơ động pháo binh. Ông thường có những chuyến đi mua vũ khí tại nhiều vùng đất khác nhau trong khu vực và mất tại Malacca khi mới 31 tuổi. Laurent Barizy (1769-1802), một người bạn của Puymanel và đã phục vụ Nguyễn Phúc Ánh đến năm 1793, đã dành hầu hết thời gian của mình để mua khí tài quân sự tại Malacca, Manila và Batavia.
Vai trò của Pierre Pigneau và nhóm nhỏ gồm những sỹ quan hải quân là đóng góp vào thành công cuối cùng của Nguyễn Phúc Ánh, về việc tổ chức và đào tạo cả hải quân và lục quân, xây dựng thành lũy, nỗ lực để có nguồn cung cấp vũ khí đúng thời điểm và lãnh đạo trong những trận đánh. Tuy nhiên, họ là một phần nhỏ của những gì đã tạo nên một đội quân khổng lồ trong đó bao gồm hàng ngàn người từ nhiều quốc gia khác nhau. Vai trò của họ là minh chứng cho cho tài năng của Nguyễn Phúc Ánh, trong việc hiểu và sử dụng những người Pháp nhiều hơn bất kỳ ảnh hưởng nào của người Pháp nào đối với ông. Rất ít người Pháp đến Sài Gòn đã ở lại sau năm 1792. Nhưng hầu hết những người ở lại đã trở nên rất trung thành với Nguyễn Phúc Ánh, lập gia đình và cưới vợ người Việt, và dự định dành phần còn lại của cuộc đời ở Việt Nam.
Nguyễn Phúc Ánh biết làm cách nào để biến Sài Gòn thành một thương cảng quốc tế với ngành nông nghiệp nội địa trù phú và ngành công nghiệp đóng tàu. Trong vòng một vài năm, ông đã làm chủ được Sài Gòn với một chính phủ dân sự hiệu quả có khả năng tổ chức và khiển khai một lực lượng viễn chinh lớn. Đã có kinh nghiệm với nhiều thất bại, ông không mấy ấn tượng với kết quả thắng trận của một trận chiến.Ông là người có tầm nhìn dài hạn và kiên trì để đạt được mục đích.

Từ Sài Gòn đến Diên Khánh
Không giống như một cuộc chiến truyền thống như ở miền Bắc Việt Nam, được thực hiện trong mùa khô mùa đông khi gió Bắc thổi từ lục địa ra biển, các chiến dịch của Nguyễn Phúc Ánh đã được tổ chức để đón những cơn gió Nam thổi từ biển vào từ cuối mùa xuân đến đầu mùa thu. Chiến lược cơ bản của ông là di chuyển về phía Bắc bằng đường biển, với đội hải quân và kết hợp vận chuyển cung cấp khí tài để hỗ trợ lục quân. Khi những cơn gió đổi chiều ông sẽ trở lại Sài Gòn với hạm đội của mình và để lại lực lượng bộ binh để trấn giữ các vị trí hiểm yếu để giữ chân kẻ thù cho đến năm sau khi những cơn gió Nam trở lại.
Thử nghiệm đầu tiên của Nguyễn Phúc Ánh với các loại vũ khí chiến tranh là vào năm 1790 khi ông ra lệnh đổ quân lên bờ biển tiến vào Bình Thuận. Đất đai ở đây khó khăn nên sản xuất được rất ít gạo. Không có một cảng biển nào lớn. Người Chăm sống tập trung ở đây và đã hỗ trợ rất lớn cho Nguyễn Nhạc. Sau thành công bước đầu trong việc hành quân về phía Bắc qua Bình Thuận, những tướng lĩnh của Nguyễn Phúc Ánh đã lúng túng khi Nguyễn Nhạc tấn công. Vào cuối năm, Nguyễn Phúc Ánh đã rút quân của ông trở về điểm khởi đầu ở Bà Rịa.
Trong năm tiếp theo, Nguyễn Phúc Ánh tập trung vào việc xây dựng lại đội quân của mình sau thất bại chiến dịch ở Bình Thuận. Ông tăng cường lực lượng quân đội, xử lý hạn hán, tuyên truyền đe dọa phía Bắc và duy trì tình hữu nghị với Xiêm La. Đây là năm đầu tiên thực hiện nghĩa vụ quân sự hàng năm của người Việt. Các đơn vị quân đội mới được tổ chức với các tình nguyện viên đến từ cộng đồng người Hoa. Những cụm quân sự đã được người Hoa thành lập ở Long Xuyên, người Khmer ở Cần Thơ, và người Việt ở Bà Rịa. Gỗ được đưa từ Campuchia đến các nhà máy đóng tàu ở Mỹ Tho và hơn 100 tàu đã được đóng ở đây. Nhà máy đóng tàu Sài Gòn đã sản xuất những con tàu có thể mang 26 đến 36 khẩu pháo cùng với trên 300 người.
Gạo đã được mua từ Xiêm để giảm bớt tình trạng nạn đói gần đây do hạn hán, và các biện pháp được thực hiện đồng bộ để giữ cho gạo địa phương không bị tích trữ và không dùng để nấu rượu. Dòng người tiếp tục đổ về từ phương Bắc, và trong dòng người đó thì rất khó để phân biệt đâu là người trung thành và đâu là gián điệp. Trong khi đó những gián điệp đã được gửi ra miền Bắc để nắm tình hình và lan truyền những bài hát về thời kỳ hưng thịnh của Chúa Nguyễn và loan tin rằng khi gió Nam trở lại là điều báo hiệu cho việc nhà Nguyễn phục hưng. Những cuộc thi văn học đã được tổ chức để kiểm tra kiến thức về lịch sử và khả năng tư duy về các vấn đề hiện tại của xã hội. Những người đạt điểm cao đã được chỉ định về dạy tại các trường công lập. Những người khác được miễn thuế và miễn trừ nghĩa vụ quân sự cùng với việc được giao cho tiếp tục học tập, nghiên cứu. Có những đền thờ đã được xây dựng để tưởng nhớ các linh hồn của những người đã thiệt mạng trong các trận chiến.
Vua Lào đã bắt giữ một số quân lính, biểu ngữ, và những chiếc trống trong cuộc chinh phạt của Nguyễn Huệ tới Lào trong năm đó. Chúng đã được gửi tới vua Xiêm, và vua Xiêm đã chuyển cho Nguyễn Phúc Ánh. Nguyễn Phúc Ánh gửi một phái đoàn đến Chakri ở Băng Cốc để gửi lời cảm ơn. Phái viên cũng được hướng dẫn để giải thích cho Chakri hiểu rằng, mặc dù có những ràng buộc và một vài căng thẳng giữa biên giới Khmer-Việt, Nguyễn Phúc Ánh vẫn xem Campuchia là một chư hầu của Xiêm La và sẽ tham khảo ý kiến của Xiêm các vấn đề liên quan đến Campuchia. Hai vị vua Xiêm-Việt trong giai đoạn trị vì này đã duy trì một mối quan hệ đáng tin cậy.
Năm 1792, Nguyễn Phúc Ánh nghe tin gián điệp của mình báo cáo có một hạm đội lớn của đối phương tại Qui Nhơn, cảng của Nguyễn Nhạc. Ông đã gửi hạm đội của mình đánh chiếm hạm đội địch và nhanh chóng chiếm lấy Qui Nhơn trước khi trở về Sài Gòn. Trong suốt chiến dịch lần này, lính bộ binh của ông đã tiến đến Phan Rang trước khi quay trở lại Bà Rịa khi gió đổi chiều. Những lãnh đạo người Chăm ở Bình Thuận đã thề trung thành với Nguyễn Phúc Ánh, và một vụ thu hoạch tốt đã xử lý nạn đói bấy lâu. Cùng lúc thì cũng nhận được tin tốt từ các gián điệp ở miền Bắc. Sau cái chết của Nguyễn Huệ, căng thẳng giữa Nguyễn Nhạc và những lãnh đạo ở Phú Xuân đã khiến cho Nguyễn Nhạc không được tham gia tang lễ của người em trai.
Trong hai năm 1791 và 1792, mối quan hệ giữa Nguyễn Phúc Ánh và Pierre Pigneau đã bị rạn nứt vì Pigneau đóng vai trò như là thầy dạy của Hoàng tử Cảnh. Nguyễn Phúc Ánh đã không còn tin tưởng vào con trai mình nữa vì nền giáo dục Ki-tô giáo đã chống lại phong tục tập quán địa phương, đặc biệt là việc thờ cúng tổ tiên. Do đó ông đã nhắc nhở nhẹ nhàng về vai trò người thầy của Pigneau đối với Hoảng tử Cảnh. Ông cũng đốc thúc Pigneau tấn công quân Tây Sơn ở thời điểm mà ông thấy là thuận lợi. Giai đoạn này, Pigneau đe dọa sẽ bỏ đi. Mặc dù vậy, năm 1793, sau nhiều cuộc thảo luận giữa hai người thì đã mở đường cho sự hòa giải. Pigneau được phục hồi là người cố vấn của Hoảng tử Cảnh, Hoàng tử Cảnh đã bắt đầu trưởng thành và hiểu về những phong tục ở địa phương hơn. Nguyễn Phúc Ánh lúc ấy đã sẵn sàng để tiến quân ra Bắc.
Cuộc tiến công nhờ mùa gió của Nguyễn Phúc Ánh năm 1793 thành công đã nâng vị thế chiến trường của quân ông lên rất nhiều. Để chuẩn bị, từ đầu năm ông đã ban hành một sắc lệnh kêu gọi người dân nỗ lực làm việc chăm chỉ để phục vụ đất nước. Ông cũng kêu gọi người dân chống lại nạn trộm cướp. Sau đó ông bắt đầu tổng động viên quân đội, bao gồm cả đội quân của người Khmer và đội quân được tuyển từ những người vùng cao. Gia đình quân nhân, bao gồm cả người Khmer đã được miễn thuế. Người Thanh, người Xiêm và người Pháp đã phục vụ trong các hạm đội cùng với người Việt.
Vào tháng 5 Âm lịch, gió Nam mạnh, Nguyễn Phúc Ánh đã điều hạm đội của ông chiếm lấy Nha Trang, nơi hội quân với lính bộ. Lực lượng thủy quân và lục quân sau đó đã tiến đánh Phú Yên, và sau nhiều trận đánh quyết liệt, đã đánh chiếm được những vị trí chiến lược xung quanh Chà Bàn – thủ đô của Nguyễn Nhạc, và các cảng biển Qui Nhơn. Trong khi quân của ông chiếm đóng và quân địch đã đầu hàng, với vũ khí thu được tại Chà Bàn và Qui Nhơn, ông đã điều những hạm đội của mình lên phía Bắc ở Quảng Ngãi – nơi ông được nhiều người dân địa phương ủng hộ và chiến đấu chống lại quân đội từ Phú Xuân đến để cứu nguy cho Nguyễn Nhạc.
Khi những cơn gió bắt đầu đổi chiều, Nguyễn Phúc Ánh đã rút lực lượng về Phú Yên. Sau đó, ông huy động khoảng 4000 người để xây dựng một thành lũy ở Diên Khánh, dưới sự giám sát của Olivier de Puymanel. Diên Khánh là vùng đất về phía Tây cách Nha Trang 15km, hiện nay là Khánh Hòa. Vị trí chiến lược để giữ con đường phía Nam của vùng Nha Trang. Một hệ thống nhà kho ở Bình Thuận để liên kết giữa Gia Đình với Diên Khánh đã được lập ra. Nguyễn Phúc Ánh đã xác định phải giữ được Diên Khánh bằng mọi giá.
Kẻ thù đã suy yếu như một kết quả hiển nhiên của những chiến dịch năm 1793. Nguyễn Nhạc chết, trong một cơn uất hận vì những vị tướng của ông đã không theo lệnh chỉ huy của ông. Con trai và là người kế vị mình, Nguyễn Bảo, ngay lập tức đã gây xung đột với những người lãnh đạo ở Phú Xuân. Nhưng việc xây dựng thành lũy Diên Khánh đã khiến bọn họ phải liên kết lại với nhau, ít nhất tại thời điểm hiện tại. Hai năm tiếp theo của cuộc chiến cơ bản là sự nỗ lực không có kết quả của các vị tướng đến từ Phú Xuân nhằm đánh chiếm Diên Khánh. Nguyễn Phúc Ánh đã thành công trong việc chuyển đổi sự tập trung của cuộc chiến đến nơi mà ông đã lựa chọn từ trước.
Trong suốt mùa khô năm 1793-1794, hầu như tất cả các hoạt động của Nguyễn Phúc Ánh được tập trung để cố thủ Diên Khánh. Tàu và vũ khí được sản xuất càng nhanh càng tốt. Các đơn vị quân địa phương được tổ chức ở Bình Thuận và khu vực Diên Khánh. Những người đến từ Quảng Ngãi đã tăng nhanh trong năm 1793 và được tổ chức thành một đội quân. Diên Khánh được tăng cường không chỉ lính Việt mà còn những dân tộc khác như người Khmer, Xiêm La và Mã Lai. Lính Chăm ở Diên Khánh đã được phép phục vụ ở tỉnh nhà Bình Thuận như một lực lượng quân đội. Một số lãnh đạo người Chăm là người đã ủng hộ Tây Sơn đã bị bắt và giết. Người Việt định cư ở đây đã được sắp xếp vào các công việc của người Chăm bỏ lại. Bên cạnh đó, Nguyễn Phúc Ánh đã bán gạo cho Xiêm La để hạn chế nạn đói.
Vào mùa xuân năm 1794, một số lượng lớn quân Tây Sơn đã tiến vào Phú Yên, buộc quân của Nguyễn Phúc Ánh phải rút lui về Diên Khánh. Ngay sau đó, Tây Sơn đã tấn công vào Diên Khánh. Thời gian này thì gió Nam cũng nổi lên thuận lợi cho việc ra biển của hải quân Nguyễn Phúc Ánh. Tin tức này khiến quân Tây Sơn rút về Phú Yên. Nguyễn Phúc Ánh liền tiến công Phú Yên, đã chiến đấu nhiều trận tại đó, và cũng gửi lực lượng hải quân để cắt đứt liên lạc của quân Tây Sơn ở Quảng Ngãi. Quân tiếp viện đã hành quân đến Phú Yên và ông ra lệnh sửa chữa lại phòng tuyến ở Diên Khánh. Những người lính Xiêm tại Diên Khánh được phép trở về nước và các quan chức ở Sài Gòn được lệnh tạo điều kiện để họ đi qua. Trước khi trở lại Sài Gòn, Nguyễn Phúc Ánh cố gắng giải quyết vấn đề bằng cách để người Việt ở lại xây dựng vùng đất cũ của người Chăm ở Bình Thuận. Ông ra lệnh cho các lãnh đạo người Việt bàn bạc với lãnh đạo người Chăm để xét xử những tranh chấp biên giới một cách công bằng để hai bên có thể chung sống với nhau trong hòa bình.
Một thời gian ngắn sau khi những cơn gió thay đổi ở phía Bắc vào cuối năm 1794, nhà Tây Sơn quay lại tấn công. Họ tấn công vào phía Nam Phú Yên và những bức tường kiên cố của Diên Khánh theo cách chiến đấu riêng của họ, Nguyễn Phúc Ánh tiếp tục cung ứng khí tài, quân tiếp viện đến cho Võ Tánh, chỉ huy tại Diên Khánh. Đến cuối năm, sau những cuộc giao tranh ác liệt, quân Tây Sơn đã bao vây Diên Khánh và đang tiến đến Bình Thuận.
Trong vòng vài tuần đầu năm 1795, nhà Tây Sơn đã dồn quân lên tất cả những con đường đến Bà Rịa. Một đội quân 1500 người Khmer đã được tổ chức tại Trà Vinh, cùng với các đơn vị quân địa phương và đơn vị dự phòng khác ở Gia Định, được lệnh tiến quân. Quân Tây Sơn đã đẩy lùi sự tiến quân này. Trong khi đó, Nguyễn Phúc Ánh với hạm đội của mình, đã chuẩn bị đầy đủ khí tài và quân đội, chờ những cơn gió đổi chiều. Khi có được điều ấy, ông đã hành quân đến Nha Trang để làm giảm một phần áp lực lên Diên Khánh, sau đó tiếp tục tiến về Phú Yên cho đổ bộ một cánh quân khác để chặn không cho quân Tây Sơn thoát trở lại phía Bắc. Trong 4 tháng tiếp theo, chiến tranh liên tục nổ ra từ Bình Thuận cho đến Phú Yên. Bị thất bại ở Bình Thuận, quân Tây Sơn đã rút lui và hợp với cánh quân đang bao vây Diên Khánh. Cùng lúc, một đội quân gồm những người ở vùng cao đã giúp Nguyễn Phúc Ánh có được một chiến thắng quan trọng tại Phú Yên.
Cùng lúc đó tại Phú Xuân, một cuộc thanh trừng nội bộ đã xảy ra. Một vị tướng tên là Võ Văn Dũng đã giết chết nhiếp chính Bùi Đắc Tuyên. Tướng chỉ huy bao vây Diên Khánh là Trần Quang Diệu, là một người thân tín của Bùi Đắc Tuyên nên Võ Văn Dũng đã gửi người để giết ông. Trước khi điều này xảy ra, vòng bao vây Diên Khánh đã bị phá vỡ khi một kẻ phản bội quân Tây Sơn đã tiết lộ một con đường núi cho phép một đơn vị quân Sài Gòn tiến lên chiếm lĩnh những vị trí của quân Tây Sơn. Quân Tây Sơn đã bỏ chạy về phía Bắc còn những người chỉ huy của họ thì quay trở lại Phú Xuân để bắt đầu một cuộc tranh giành quyền lực. Cuối cùng, những người lãnh đạo Phú Xuân đã tạo ra một liên minh của 4 vị tướng có quyền lực nhất. Hai trong số đó là Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu. Vị vua trẻ tuổi Nguyễn Toản đành quan sát một cách bất lực.
Trong ba năm, cuộc chiến đã xoay quanh Diên Khánh, một thành lũy được xây tại một địa điểm được lựa chọn bởi Nguyễn Phúc Ánh, như là bước đầu tiên để chiếm những vùng đất dọc bờ biển từ Sài Gòn. Sự thất bại của kẻ thù hòng chiếm Diên Khánh và sự thiếu đoàn kết của Phú Xuân đã khiến ông có thể đẩy mạnh sự tập trung vào cuộc chiến mở rộng ra phía Bắc đến tận Bình Định.

Từ Diên Khánh đến Bình Định
Sau khi phá vỡ cuộc bao vây kéo dài 9 tháng ở Diên Khánh, Nguyễn Phúc Ánh đã dành năm 1796 để tổ chức lại quân đội, tạo ra những điểm mới, chăm lo nông nghiệp, tổ chức một kỳ thi văn học, đóng tàu, mua vũ khí, huấn luyện ngựa, mộ quân và chấn chỉnh những vị tướng của mình, những người đang lãng phí thời gian vào bài bạc và đá gà. Khi những cơn gió Nam đến vào năm 1797, ông đã chiếm được cảng Qui Nhơn và sau đó tiến lên Quảng Nam. Trong khi một số tướng lĩnh của ông đẩy quân lên thượng nguồn sông Thu Bồn và chiếm Hội An và Điện Bàn, ông đã đến vịnh Đà Nẵng và tấn công lên phía đèo Hải Vân. Quân địa phương ở Quảng Ngãi gia nhập quân đội của ông và giao tranh nổ từ Phú Yên đến Quảng Nam trong 3 tháng cho đến khi những cơn gió đổi chiều và Nguyễn Phúc Ánh lại quay trở lại Sài Gòn.
Nguyễn Phúc Ánh đã dành những tháng cuối cùng của năm 1797 để đối phó với những người Chăm, những người đã phục vụ quân Tây Sơn và đã trở lại Bình Thuận, kích động một cuộc nổi dậy và gây ra bất ổn. Quân Xiêm hỗ trợ để làm dịu vấn đề này, đổi lại quân Việt giúp đỡ để ngăn chặn một cuộc nổi dậy của các dân tộc thiểu số ở Campuchia  một thời gian ngắn trước. Tại thời điểm này, các cuộc thảo luận đã được thực hiện để phối hợp quân Xiêm và Lào với các chiến dịch trong tương lai của Nguyễn Phúc Ánh bằng cách để họ hành quân trên những ngọn núi và xuống thung lũng Sông Cả vào Nghệ An để đe dọa quân Tây Sơn từ phía sau. Một sáng kiến ngoại giao cũng đã được đàm phán một cách tốt đẹp với nhà Thanh. Cướp biển nhà Thanh bị quân Tây Sơn bắt đã phải chịu sự giám sát của chính quyền nhà Thanh ở Quảng Đông, điều này đã làm giảm sức mạnh của quân Tây Sơn.
Năm 1798, Nguyễn Phúc Ánh mua vũ khí, đóng tàu, tái tổ chức lại cơ cấu trang thiết bị vật tư, điều động vào đào tạo quân lính, tăng cường các đơn vị chủ lực ở Diên Khánh và đèo Cả, bên cạnh đó xử lý các vấn đề về việc đào ngũ của binh sỹ bằng cách bỏ tù gia đình của họ. Vào đầu năm 1799 khi gió đổi chiều, ông đã chuẩn bị cho một cuộc Bắc tiến. Ông cho công bố 36 điều lệ về kỷ luật quân đội, một dấu hiệu thể hiện mong đợi của ông một cách nghiêm túc về chiến dịch sắp tới, vì có nhiều điều để nói về hành vi khi chiến thắng một trận đánh, hành vi đối với tù binh, và hành vi đối với cộng đồng dân cư ở những vùng mới chiếm đóng.
Nguyễn Phúc Ánh có một số tướng lĩnh xuất chúng, và tại thời điểm này thì không ai có thể so sánh được với Lê Văn Duyệt (1764-1832). Lê Văn Duyệt quê gốc ở Quảng Ngãi, nơi Nguyễn Cư Trinh đã phục vụ đầu những năm 1750, một nơi nổi tiếng với sự nghèo đói và vô luật pháp. Ông được sinh ra mà không có bộ phận sinh dục và bắt đầu sự nghiệp của mình như là một thái giám ở Phú Xuân. Ông xuất hiện đầu tiên trong đoàn tùy tùng của Nguyễn Phúc Ánh vào cuối những năm 1770, trong những năm chiến đấu và chạy trốn quân Tây Sơn ở Gia Định. Ông là một người sống giản dị và không có khướu hài hước, hay nổi giận với đồng nghiệp và luôn luôn nghiêm khắc với cấp dưới. Tuy nhiên, qua thời gian, ông đã tập hợp được một “gia đình” lớn gồm những con người tài năng mà ông đã xem như con trai, và ông đã hoàn toàn cống hiến cho sự nghiệp của Nguyễn Phúc Ánh. Lê Văn Duyệt đã tỏa sáng trong nhiều chiến dịch, ông nổi lên như một chỉ huy linh hoạt và đáng tin cậy mà Nguyễn Phúc Ánh ngày càng tin tưởng trong những năm cuối cùng của cuộc chiến.
Vào cuối mùa xuân năm 1799, Nguyễn Phúc Ánh chỉ huy đội tàu chiến đến Nha Trang. Sau khi thảo luận với Hoàng tử Cảnh – người chỉ huy tại Diên Khánh, ông ra lệnh cho bộ binh hành quân lên phía Bắc qua Phú Yên đến Chà Bàn. Nguyễn Phúc Ánh đi thuyền trước và chiếm cảng Qui Nhơn nhờ sự lục đục nội bộ của nhà Tây Sơn. Ông đã điều Lê Văn Duyệt đến Bình Định để ngăn quân Tây Sơn hành quân về phía Nam. Lê Văn Duyệt liền tập hợp những thủ lĩnh người Ê-đê ở trên cao nguyên để có được sự hỗ trợ của họ trong việc chặn những cuộc hành quân của nhà Tây Sơn từ Quảng Ngãi đến Bình Định. Quân Tây Sơn đã định tiến lên bằng hai đường. Một trong hai đường đã bị thất bại khi một người lính đi trước đã hét lên “Nai” khi nhìn thấy một đàn nai. “Nai” là một tiếng lóng ở miền Bắc để chỉ quân lính từ phía Nam (Gia Định), xuất phát từ sông Đồng Nai là nơi mà người Việt bắt đầu định cư ở khu vực sông Mê Kông. Sự nhầm lẫn này đã làm cho một đường hành quân của quân Tây Sơn thất bại, họ sợ có một cuộc phục kích phía trước và bỏ chạy tán loạn. Quân Tây Sơn đã không còn đáng sợ như họ đã có cách đây 25 năm.
Trong khi đó, Nguyễn Phúc Ánh đã đánh bại một hạm đội Tây Sơn còn bộ binh của ông thì đánh chiếm lấy Chà Bàn – thủ đô cũ của Nguyễn Nhạc, ngày nay là gần thành phố An Nhơn. Trong chiến dịch này, một vị tướng người Việt đã lãnh đạo một đội quân người Khmer và người Xiêm phối hợp với những người dân tộc ở cao nguyên để yểm trợ dọc theo sườn núi. Thời điểm này Nguyễn Phúc Ánh đã đặt tên cho vùng đất này là Bình Định – hiện nay vẫn dùng, bình định tức là sự chinh phục.
Nguyễn Phúc Ánh đã dành hơn 3 tháng ở Bình Định, thu gom lúa gạo, tổ chức khí tài, tuyển quân, bổ nhiệm quan chức, chỉnh sửa các loại thuế, tìm kiếm người giỏi, tổ chức tôn vinh những người đã chết trong chiến dịch, xây dựng kho chứa, tổ chức trạm bưu điện, ổn định lại quân đội bao gồm cả một vạn quân Xiêm. Tổ chức tuyển chọn hơn một ngàn người từ Bình Định và đào tạo họ trở thành lính pháo binh. Pierre Pigneau, người đã hỗ trợ Hoàng tử Cảnh trong chiến dịch đã qua đời vì bệnh kiết lỵ trong thời gian này. Nguyễn Phúc Ánh đã mang thi hài ông trở về Sài Gòn và tổ chức trang lễ trọng thể.
Những vị tướng nhà Tây Sơn vẫn nuôi mối thù với Nguyễn Phúc Ánh. Hai trong số họ, Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu, giờ đang ở cùng biên giới phía Nam của Quảng Ngãi, đang lập kế hoạch để tiến về phía Nam khi gió đổi chiều. Tại Sài Gòn, Nguyễn Phúc Ánh bận rộn với việc đóng tàu, điều động thợ rèn để sản xuất vũ khí, chống nạn trộm cướp, nâng cao sức mạnh quân đội, bao gồm cả một đội quân 5 nghìn người Khmer. Trong khi đó, quân Tây Sơn hành quân và đã bao vây Chà Bàn vào đầu năm 1800. Võ Tánh, tướng chỉ huy ở Chà Bàn, đã trái lệnh cố thủ cho đến khi gió Nam đưa quân tiếp viện tới. Một lần nữa, như năm 1795 tại Diên Khánh, Võ Tánh thấy mình đang nắm giữ một vị trí chiến lược và đang bị bao vây.
Sau khi đàn áp một cuộc nổi dậy của người Chăm ở Phan Rang và huy động người Khmer để khống chế nạn cướp bóc ở vùng cao phía Bắc Sài Gòn, Nguyễn Phúc Ánh điều động bộ binh của ông về phía Bắc và chuẩn bị kỹ lưỡng cho thuyền chiến, sẽ xuất phát ngay khi gió đổi chiều. Đồng minh của ông, Charki ở Xiêm La, đã gửi những tàu mang gạo và gia nhập vào đội tàu cung ứng. Vào đầu hè, Nguyễn Phúc Ánh đã đến Nha Trang và kịp hội quân với lực lượng trên bộ của ông tại Diên Khánh trước khi điều động đến Phú Yên, nơi đang hoang mang với nhiều tháng bị bao vây bởi quân Tây Sơn, và một trong những tướng lĩnh của ông đã phản bội. Khi Nguyễn Phúc Ánh nhận được tin vua Campuchia đã gửi một đội quân gồm 5000 người và 10 voi chiến, ông đã hướng dẫn Hoàng tử Cảnh ở Sài Gòn để gửi lên cho người Khmer ở phía Bắc.
Phú Yên đang ở tình trạng hỗn loạn gần như không thể khắc phục được với những đội quân du kích Tây Sơn, những kẻ phản bội, một số lượng lớn đào ngũ, những trại thương bệnh binh, và những người lính mất tinh thần, không có kỷ luật. Hầu hết các tướng của Nguyễn Phúc Ánh muốn tháo lui, với lý do sự mạnh lên của đối phương và mất hết tinh thần chiến đấu. Thời gian trôi qua. Nếu một điều gì không được thực hiện sớm, những cơn gió đổi chiều, và đã thổi họ trở về Sài Gòn để lại Võ Tánh với sự hoang mang cao độ.
Nguyễn Phúc Ánh không chấp nhận tình trạng bế tắc này. Tin tức đồng minh Lào của ông đã tấn công vào Nghệ An được hỗ trở bởi những người vùng cao ở tỉnh đó. Lê Văn Duyệt đưa quân tiến về phía Bình Định và tạo những hàng rào bao vây quân Tây Sơn, nhưng không thể tiến xa hơn được. Tuy nhiên, tàu của Nguyễn Phúc Ánh đã bắt được một thuyền cung ứng của quân Tây Sơn ở bờ biển phía Bắc tỉnh Bình Định, và ngay sau đó, đã bắt được một hạm đội cướp biển người Thanh phục vụ cho quân Tây Sơn.
Vào thời điểm này, Nguyễn Phúc Ánh đưa ra một hành động mang tính quyết định. Cùng năm, ông không quay trở lại phía Nam với những cơn gió Bắc. Vấn đề lớn nhất đặt ra là làm thế nào để duy trì nguồn cung gạo cho quân đội của ông trong suốt mùa đông này. Ông đã gửi một thông báo khẩn về Sài Gòn để đóng nhiều tàu hơn nhằm vận chuyển gạo những vụ thu hoạch Đông phân, trước khi những cơn gió đổi chiều. Tiếp đó ông đã tạo ra một hệ thống vận chuyển gạo ra miền Bắc bằng đường bộ và đã giải quyết được vấn đề bằng cách huy động một số lượng lớn tàu đánh cá loại nhỏ để chở gạo ra miền Bắc, bằng cách ôm dọc bờ biển đi ngược chiều gió. Sau đó ông ra lệnh điều động thêm lính bộ binh từ Sài Gòn.
Vào cuối năm 1800, Lê Văn Duyệt, được hướng dẫn bởi các đồng minh là những người ở vùng cao, đã di chuyển về phía sau của đội quân đang vây Võ Tánh và đột nhập vào những vùng đất thấp ở Bình Định. Một vài tuần sau đó, vào đầu năm 1801,  Lê Văn Duyệt đã sử dụng những thuyền lửa để chiếm lấy cảng Qui Nhơn. Những chiến thắng liên tiếp đã thay đổi cục diện chiến trường theo hướng có lợi cho Nguyễn Phúc Ánh, tăng cường đáng kể vị trí của ông ở Bình Định. Ngay lúc đó thì nhận được tin Hoảng tử Cảnh đã chết vì bệnh đậu mùa. Không biết tin tức này đã ảnh hưởng đến Nguyễn Phúc Ánh như thế nào, nhưng sau đó ông đã ra một quyết định mang tính chất định mệnh. Đó là cái chết của con trai ông ở Sài Gòn bằng cách nào đó đã khiến ông xem xét lại vị trí của mình ở Sài Gòn, nơi ông đã xem như là nhà của mình trong nhiều năm, và muốn trở về mảnh đất tổ tiên của mình, nơi ông đã dành cả tuổi trẻ của mình ở đó. Ông quyết định để lại phía sau cuộc khủng hoảng tại Phú Yên và quân đội ở Bình Định và thay vào đó là đi về phía Bắc để chiếm lại Phú Xuân.

Hòa bình mới
Gửi tới những người đồng minh Lào yêu cầu họ giúp đỡ tấn công quân Tây Sơn, ông đã đến Hội An, hội quân với quân địa phương từ Quảng Ngãi và Quảng Nam đã đến và tập hợp dưới ngọn cờ của ông. Sau khi thu gom gạo từ Quảng Nam và bắt được thêm những tên cướp biển người Thanh, ông đã đến vịnh Đà Nẵng để tiến đánh Phú Xuân. Quân Tây Sơn đã kháng cự một cách yếu ớt và Nguyễn Toản phải chạy ra phía Bắc. Nguyễn Phúc Ánh bảo vệ biên giới cũ ở sông Gianh trong khi quân Lào và những người vùng cao theo ông đã tấn công Nghệ An và Thanh Hóa. Đó là mùa hè năm 1801, và hình như Nguyễn Phúc Ánh đang dừng lại để thưởng thức chiến thắng của mình, thì được tin Võ Tánh tự tử do đã không cố thủ được Chà Bàn, Chà Bàn đã rơi vào tay những vị tướng nhà Tây Sơn, Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu. Chiến thắng này của quân Tây Sơn gần như vô nghĩa, mặc dù vậy, trọng tâm của cuộc chiến đã chuyển về phía Bắc, và quân Tây Sơn ở Bình Định đã không còn mạnh mẽ như trước nữa.
Trong nửa cuối của năm 1801, Nguyễn Phúc Ánh chuẩn bị cho một cuộc phản công dự kiến từ Nguyễn Toản từ miền Bắc, bắt đầu xây dựng một chính quyền tại Phú Xuân, và sắp xếp cho việc cung ứng cho quân đội. Lê Văn Duyệt nhận lệnh phải chặn quân Tây Sơn ở Bình Định khi những thành lũy ở Đồng Hới đang được sửa chữa và bố trí lực lượng đồn trú. Một vài trận đánh nhỏ với quân Tây Sơn đã xảy ra quanh sông Gianh, tiếp theo là một cuộc tấn công của quân Lào vào Nghệ An. Đường Cam Lộ sang Lào đã được lập bản đồ và có quân đồn trú. Lực lượng hải quân đã khống chế được những tên cướp biển người Thanh.
Ở Thuận Hóa, Nguyễn Phúc Ánh tìm kiếm hậu duệ của những người tâm phúc đã đi theo Nguyễn Hoàng xuống phía Nam vào năm 1558. Ông đã tìm thấy 469 người. Ông sửa chữa những ngôi mộ của tổ tiên ông mà đã bị Nguyễn Huệ quật lên. Ông cũng đã đào mộ Nguyễn Huệ và 31 người là con cháu và những vị tướng của Nguyễn Huệ và phơi ngoài đường. Ông bắt đầu dành thời gian để đọc sách lịch sử và thảo luận chúng với những học giả, tìm hiểu lịch sử để cân nhắc vị trí của mình.
Nguyễn Toản đã dành thời gian để huy động quân đội ở miền Bắc. Gần cuối năm, sau những cơn mưa không ngớt, ông đã xuất hiện tại biên giới cùng với một hạm đội gồm hơn 100 tàu cướp biển người Thanh. Nguyễn Phúc Ánh đã nhận vị trí của mình tại những chiến lũy như tổ tiên của ông đã làm trong quá khứ. Các trận chiến xảy ra sau đó trong những tuần đầu của năm 1802 là một tiếng vang dữ dội của những chiến dịch thuộc thế kỷ XVII. Nguyễn Toản đã tấn công vào thành lũy Trấn Ninh nơi những pháo thủ của quân miền Nam đã gây ra thương vong lớn cho quân của ông. Khi hạm đội của Nguyễn Phúc Ánh bắt được 20 tàu cướp biển nhà Thanh, Nguyễn Toản bắt đầu rút lui. Nguyễn Phúc Ánh điều động tàu của ông đến sông Gianh, nơi họ bắt được đội tàu cung ứng của Nguyễn Toản và ngăn chặn hầu hết những âm mưu vượt sông của quân địch. Một đội quân Xiêm gồm 5000 người phối hợp với quân Lào xuất hiện từ vùng núi Nghệ An đã đẩy quân của Nguyễn Toản trở lại Kẻ Chợ.
Nguyễn Phúc Ánh trở về Phú Xuân, sửa chữa cung điện, cho quân lính nghỉ ngơi, và chờ đợi cuộc chiến ở Bình Định kết thúc. Nhiều binh lính của ông từ Thuận Hóa đã từng đến Sài Gòn nhiều năm trước khi gia nhập vào quân đội của ông. Bây giờ ông cho phép họ về thăm gia đình. Những thương, bệnh binh từ Gia Định đã được gửi về nhà, và gia đình của những binh lính Gia Định đang làm nhiệm vụ ở Thuận Hóa được hướng dẫn để viết thư cho người thân. Nguyễn Phúc Ánh tiếp tục nghiên cứu về lịch sử và tổ chức những buổi thảo luận với những học giả. Ông hiểu rằng ông đang ở vào tình huống chưa từng có trước đây và ông muốn tham khảo góc nhìn của những người được đào tạo bài bản.
Bình Định đã bị thất thủ vào cuối mùa xuân. Các tướng nhà Tây Sơn với khoảng 3000 binh lính đã trốn thoát lên núi và cố gắng để trở ra miền Bắc. Rất ít trong số họ đã đạt được mục đích vì Nguyễn Phúc Ánh đã ra lệnh cho quân lính vào những thung lũng ở Quảng Nam và Thuận Hóa để chặn đường và gửi thư cho những đồng minh Xiêm La và Lào cùng đánh chặn.
Ngay sau khi nhận được tin chiến thắng ở Bình Định, Nguyễn Phúc Ánh đưa ra thảo luận về câu hỏi là nhà Lê liệu có ai còn sống. Tất cả mọi người đều đồng ý rằng hiện không còn có hậu duệ của nhà Lê nữa. Sau khi xưng vua, Nguyễn Phúc Ánh đã làm bước cuối cùng là tuyên bố chủ quyền lãnh thổ bằng cách từ danh hiệu Triều Lê và mở đầu cho triều đại của ông, Gia Long, triều đại nhà Nguyễn. Kèm theo đó việc là xét khen thưởng cho những người có công và bổ nhiệm quan lại để điều hành bộ máy Nhà nước. Những món quà và sự tôn vinh đã được gửi cho những vị tướng người Khmer và người Xiêm và được gửi về cùng với những người lính của họ. Những vị sứ giả được phái sang nhà Thanh để bàn giao những tên cướp biển đã bắt được.
Vào giữa mùa hè năm 1802, Nguyễn Phúc Ánh ban hành một sắc lệnh cho người dân ở miền Bắc, thúc giục họ sản xuất và chấp hành pháp luật. Ông cũng ban hành một sắc lệnh khác cho binh lính để hướng dẫn về cách ứng xử đối với tù nhân và người dân. Sau đó ông thành lập hạm đội và quân đội cho miền Bắc. Ông đến Vinh – Nghệ An mà không gặp phải sự kháng cự nào. Ông dành một vài ngày ở đó để tổ chức lại hệ thống cung ứng của mình trước khi đến Thanh Hóa, một lần nữa ông không gặp phải sự chống đối nào. Ở Thanh Hóa, ông đến thăm lăng mộ nhà Lê và nhận được sự đón tiếp nồng hậu. Với việc Lê Văn Duyệt đi trước, ông đã vào Kẻ Chợ sau 30 ngày từ khi rời Phú Xuân mà không vấp phải sự phản kháng nào. Nguyễn Toản và đồng bọn chạy trốn nhưng đã bị bắt ngay sau đó.
Nguyễn Phúc Ánh đã dành gần 4 tháng ở Kẻ Chợ để thiết lập lại trật tự ở phía Bắc, tuyển quân, ban hành các quy tắc và quy định, bổ nhiệm quan lại, xây dựng một đền thờ tổ tiên của nhà Trịnh, và gửi sứ giả đi sứ sang nhà Thanh. Vào mùa thu, ông lệnh cho quân lính về phía Nam và trở về Phú Xuân. Ở đó, ông hành hình Nguyễn Toản và thông báo về vương triều của ông, vương triều của những người nói tiếng Việt từ biên giới với nhà Thanh ở phía Bắc đến Vịnh Xiêm La ở phía Nam.
Ba mươi năm chiến tranh vào cuối thế kỷ XVIII đã tạo ra đất nước Việt Nam mà chúng ta có thể thấy trên bản đồ hiện nay. Những người trứ danh là những người miền Bắc, bao gồm cả người dân Thanh Hóa và Nghệ An, đã đóng hầu hết vai trò. Đến thập niên 70 của thế kỷ XVIII, chế độ Lê – Trịnh, và xã hội miền Bắc nói chung, đã đi xuống bởi những các tác động tích lũy của những nỗ lực hoàn thiện để điều hành trong hai thế kỷ mà không đóng góp được vào sự phát triển bùng nổ ở miền Nam. Nhiều nhất có thể kể đến là việc chiếm Thuận Hóa trong một vài năm khi ở miền Nam mất ổn định do có những cuộc nổi dậy. Miền Bắc đã thành nơi mà giấc mơ của các triều đại chết, cho dù là nhà Mạc, nhà Lê, nhà Trịnh, hay là Nguyễn Huệ và người thừa kế của ông. Ảnh hưởng đau khổ của chiến tranh, sự cai trị kém cỏi, và nạn đói đã biến những ngôi làng miền Bắc phải duy trì sự tự cung tự cấp. Những người nông dân đã trở nên thờ ơ đối với những tham vọng của những vị vua chúa ở đây. Những sự việc xảy ra ở Kẻ Chợ đã không nhận được sự ủng hộ ở những nơi khác. Sau khi chính quyền vua Lê chúa Trịnh ra đi, miền Bắc chỉ đơn giản là chờ đợi kết quả mà được quyết định ở nơi khác. Trong suốt 30 Năm Chiến Tranh, miền Bắc đã đi từ chỗ ngồi của những vị vua trở thành một nơi hoang tàn.
Thuận Hóa là nơi có tầm quan trọng về biểu tượng và vị trí chiến lược, là nơi mà những nhà lãnh đạo Nguyễn Phúc đã tạo ra một triều đại và che chở cho miền Nam trong nhiều thế hệ. Tuy nhiên, khi nhà Nguyễn Phúc di dời khỏi Phú Xuân, Thuận Hóa đã không có sự liên kết với những người sau đó nắm quyền. Nguyễn Huệ và người thừa kế ông đã sử dụng Phú Xuân như một nơi thích hợp, một chỗ đứng trước khi hành động bước tiếp theo. Lòng trung thành chính trị của người dân Thuận Hóa, vẫn còn tồn tại trong gia đình Nguyễn Phúc, vận may cũng đã đến khi mà họ đến những vùng đất khác.
30 Năm Chiến Tranh cơ bản là cuộc chiến giữa hai phần là biên giới của miền Nam, Bình Định và Gia Định. Hầu hết những cuộc chiến là ở trong và giữa hai nơi này. Ngay cả sau khi cuộc chiến đã gần như ngã ngũ, những người ở Bình Định vẫn tiếp tục chiến đấu đến cùng. Tại sao ở Bình Định lại có nhiều người đã chiến đấu rất dũng cảm để bảo vệ nơi này? Câu trả lời cho câu hỏi này nằm trong sự nghiệp của Nguyễn Nhạc, là người đã cai quản nơi đây trong hai thập kỷ.
Không giống như hai nhân vật chính khác trong thời gian này, Nguyễn Huệ và Nguyễn Phúc Ánh, Nguyễn Nhạc không có tham vọng thống trị ở những nơi xa xôi. Ông đại diện cho những người đàn ông ở biên giới dám chống lại bất kỳ sự tập trung nào của nhà cầm quyền, những người đơn giản chỉ muốn được ở một mình để thưởng thức một phần nhỏ của họ trên thế giới. Đây là một góc nhìn nhỏ so với tầm nhìn của những người đã từng nghiên cứu lịch sử và có ước mơ xây dựng một đế chế rộng lớn. Nguyễn Huệ bắt đầu thoát khỏi góc nhìn của Nguyễn Nhạc khi ông tiếp xúc với những trí thức miền Bắc, những người đã thấy ở ông tiềm năng có thể tạo nên một triều đại mới. Nguyễn Phúc Ánh, về phần mình, đã được đào tạo như một người học thức trong một gia đình hoàng gia nhằm cai trị đất nước. Nguyễn Nhạc không quan tâm đến những việc như thế. Sự căng thẳng giữa ông và Nguyễn Huệ, và những người cai trị Phú Xuân sau khi Nguyễn Huệ chết, là về vấn đề này. Quan điểm của ông có vẻ như thiển cận so với góc nhìn ngày nay cho rằng Việt Nam hiển nhiên như ngày nay. Nhưng vào thời đó thì ý tưởng này là bình thường, sau nhiều thế hệ chia cắt giữa hai miền Bắc, Nam. Đối với những người trong thời của Nguyễn Nhạc, ý tưởng rằng tất cả người Việt nên nằm trong một quốc gia là ý tưởng kỳ lạ, họ nghĩ nên tách thành hai, ba, hoặc nhiều hơn, các quốc gia riêng biệt. Nguyễn Nhạc và những người theo ông ở Bình Định chống lại Nguyễn Phúc Ánh vì Nguyễn Phúc Ánh đại diện cho mối đe dọa của một sự thống nhất chung và đồng nhất sẽ đe dọa lối sống của họ.
Nguyễn Phúc Ánh là một trong những nhà lãnh đạo khôn ngoan và bền bỉ nhất trong lịch sử Việt Nam. Ông là một người sắc sảo trong tính cách và biết cách sử dụng nhiều loại người khác nhau. Ông có một tầm nhìn giúp ông có những mối bang giao thành công với những nhà cầm quyền láng giềng. Ông có sự hiểu biết mang tính chất nền tảng về bộ máy cai trị và biết đưa ra những luật định cụ thể. Dù vậy, nếu không có một nơi như Sài Gòn để thử thách khả năng của ông, thì ông cũng không thể đạt được những điều như ông đã có. Ít nhất như là khả năng lãnh đạo một nơi năng động như Gia Định. Sài Gòn là một cảng biển quốc tế, nơi các thương gia từ nhiều nơi đến để giao thương. Sự đa dạng về văn hóa của vùng đồng bằng sông Mê Kông với người Việt, người Hoa, người Khmer, người Chăm, người Mã Lai, người Xiêm, người Lào, người châu Âu, và những dân tộc ở vùng cao, tất cả đều đang ở hoặc đến để tạo nên một nơi gặp gỡ và sáng tạo. Sức mạnh hải quân đóng một vai trò quan trọng trong sự thành công của Nguyễn Phúc Ánh. Trong khi lực lượng hải quân Tây Sơn gồm những tàu đi đánh chiếm hoặc là tàu của cướp biển, các nhà máy đóng tàu tại Sài Gòn và Mỹ Tho sản xuất những tàu hải quân hiện đại hơn bất kỳ quốc gia châu Á nào tại thời điểm đó. Sự trỗi dậy của miền Nam đã mang 30 Năm Chiến Tranh đến hồi kết, chính là sự trỗi dậy của Sài Gòn và một tầm nhìn rộng lớn về thế giới đã phát triển ở đây. 
                               Dịch, chương 8, từ sách: A History of the Vietnamese
                                                                           Phan Diệp dịch
Chú thích
Chương 6, 7 và 8 (thế kỷ 17 – 18)
Để phục vụ cho việc nghiên cứu để đưa ra những góc nhìn so sánh của chính phủ và xã hội Đàng Trong và Đàng Ngoài, tham khảo: Nguyễn Thanh Nhã, Tableau Économique du Viet Nam aux XVII et XVIII siècles (Paris: Éditions Cujas, 1970); và Đặng Phương Nghị, Les Institutions Publiques du Viet Nam au XVIII siècle (Paris: École Francaise d’Extrême-Orient, 1969). Đối với những bản báo cáo của người châu Âu về miền Bắc và miền Nam trong thế kỷ 17, tham khảo Olga Dror and K.W.Taylor, Views of Seventeenth Century Vietnam: Christoforo Borri on Cochinchina and Samuel Baron on Tonkin (Ithaca: Cornell Southeast Asia Program, 2006). Trong cuộc chiến Trịnh – Nguyễn, tham khảo M. Léopold Michel Cadière, “Le Mur de Dong-Hoi: Étude sur l’Établissement des Nguyen en Cochinchine”, Bulletin de l’École Francaise d’Extrême-Orient 6 (1906): 87-254; Charles B.Maybon, Histoire Moderne du Pays d’Annam (1592-1820) (Paris: Librairie Plon, 1919); K.W.Taylor, “Surfaces Orientations in Vietnam: Beyond Histories of Nation and Region”, The Journal of Asia Studies 57, 4 (November 1998): 949-978.
Nghiên cứu tập trung vào miền Bắc, tham khảo: Philippe Langlet, La Tradition Vietnamese: Un État National au Sein de la Civilisation Chinoise (Saigon: B.S.E.I., New Series, Vol.XLV, 2-3, 1970); Nguyễn Ngọc Huy và Tạ Văn Tài, The Lê Code: Law in Traditional Vietnam, 3 vols. (Athens, OH: Ohio University Press, 1978); Insun Yu, Law and Society in Seventeeth and Eighteenth Century Vietnam (Seoul: Asiatic Research Center, 1990); Alexandre de Rhodes, Histoire du Royaume du Tonkin (Paris: Éditions Kimé, 1999); K.W.Taylor, “The Literati Revival in Seventeenth-Century Vietnam”, Journal of Southeast Asian Studies, 18, I (March 1987): I-23; A.B.Woodside, “Central Viet Nam’s Trading World in the Eighteenth Century as Seen in Ly Quy Don’s ‘Frontier Chronicles’”, biên tập bởi K.W.Taylor và J.K.Whitmore, Essays into Vietnamese Pasts (Ithaca: Cornell Southeast Asia Publications, 1995), trang 157-172; A.B.Woodside, “Conceptions of Change and of Human Resposibility for Change in late Traditional Vietnam”, biên tập bởi D.K.Wyatt và A.B.Woodside, Moral Order and the Question of Change: Essays on Southeast Asia Thought, chuyên khảo số 24 (New Haven: Yale Univesity Southeast Asia Studies, 1982), trang 104-150; K.W.Taylor, “Literacy in Early Seventeenth-Century Northern Vietnam”, biên tập bởi M.A.Aung-Thwin và K.R.Hall, New Perpective on the History and Historiography of Southeast Asia: Continuing Explorations (London: Routledge, 2011), trang 138-200.
Nghiên cứu tập trung vào miền Nam, tham khảo: Yang Baoyun, Contribution à l’Histoire de la Principauté des Nguyên au Vietnam Méridional, 1600-1775 (Geneva: Olizane/ Études Orientales, 1992); K.W.Taylor, “Nguyen Hoang and the Beginning of Viet Nam’s Southward  Expansion”, biên tập bởi A. Reid, Southeast Asia in the Early Modern Era (Ithaca: Cornell Univesity Press, 1993), trang 42-65; biên tập bởi Li Tana và A. Reid, Southern Vietnam under the Nguyen: Documents on the Economic History of Cochinchina (Dang Trong), 1602-1777 (Singapore: Institute of Southeast Asian Studies, 1993); và Li Tana, Nguyen Cochinchina: Southern Vietnam in the Seventeenth and Eighteenth Centuries (Ithaca: Cornell Southeast Asia Program, 1998); Claudine Ang Tsu Lynn, “Statecraft on the Margins: Drama, Poetry, and the Civilizing Mission in Eighteenth-century Southern Vietnam”, Luận án Tiến sỹ (Cornell University, 2012). Về thương mại và đóng tàu ở thế kỷ 18, tham khảo sách biên tập bởi Nola Cooke và Li Tana, Water Frontier: Commerce and the Chinese in the Lower Mekong Region, 1750-1850 (Lanham, MD: Rowman & Littlefield, 2004). Về người Trung Quốc nhập cư vào miền Nam, tham khảo Nguyễn Hội Chấn, “Some Aspects of the Chinese Community in Vietnam, 1650-1850”, Papers on China 24 (1971):104-124; Émile Gaspardone, “Bonzes des Ming réfugiés en Annam”, Sinologica 2 (1950): 12-30; và Charles Wheeler, “Buddhism in the Re-ordering of an Early Modern World: Chinese Missions to Cochinchina in the Seventeenth Century”, Journal of Global History 2 (2002): 303-324.
Cho những cuộc chiến tranh vào cuối thế kỷ 18, tham khảo George Dutton, The Tay Son Uprising: Society and Rebellion in Eighteenth-century Vietnam (Honolulu: University of Hawai’I Press, 2001); Dian H. Murray, Pirates of the South China Coast, 1790-1810 (Standford, CA: Standford University Press, 1987); và Trương Bửu Lâm, “Intervention versus Tribute in Sino-Vietnamese Relations, 1788-1790” biên tập bởi J. King Fairbank, The Chinese World Order (Cambridge, MA: Havard University Press, 1968), trang 165-179.
Về những đoàn ngoại giao Việt Nam sang triều nhà Thanh, tham khảo Liam C. Kelly, Beyond the Bronze Pillars: Envoy Poetry and the Sino-Vietnamese Relationship (Honolulu: University of Hawai’I Press, 2005).
Về Cambodia, tham khảo Mak Phoeun, Histoire du Cambodge de la Fin du XVI sièclu au Début du XVIII (Paris: École Francaise d’Extrême-Orient, 1995); Khin Sok, Le Cambodge entre le Siam et le Vietnam de 1775 à 1860 (Paris: École Francaise d’Extrême-Orient, 1991); và Alfons Van Der Kraan, Murder and Mayhem in Seventeeth-century Cambodia (Bangkok: Silkworm Books, 2009).
Về thương mại quốc tế, tham khảo Pierre-Yves Manguin, Les Portugais sur les Côtes du Vietnam et du Campa (Paris: École Francaise d’Extrême-Orient, 1972); Pierre-Yves Manguin, Les Nguyen, Macau et le Portugal (Paris: École Francaise d’Extrême-Orient, 1984); Hoàng Anh Tuấn, Silk for Silver: Dutch-Vietnamese Relations, 1637-1700 (Leiden: Brill, 2007); Robert LeRoy Innes, “The Door Ajar: Japan’s Foreign Trade in the Seventeenth Century”, Luận án Tiến sỹ (The University of Michigan, 1980); Danny Wong Tze-Ken, “The Nguyen Lords and the English Factory on Pulo Condore at the Beginning of the 18th Century”, biên tập bởi F. Mantienne và K.W.Taylor, Monde du Viêt Nam-Vietnam World: Hommage à Nguyên Thê Anh (Paris: Les Indes Savantes, 2008), trang 371-384.
Về những nhà truyền giáo châu Âu, tham khảo: André Marillier, Nos Pères dans la Foi: Notes sur le Clergé Catholique du Tonkin de 1666 à 1765 (Paris: Églises D’Asie, 1995); Alain Forest, Les Missionaires Francais au Tonkin et au Siam, XVII-XVIII siècles, 3 vols. (Paris: L’Harmattan, 1998); Alexandre de Rhodes, Histoire du Royaume du Tonkin (Paris: Éditions Kimé, 1999); Olga Dror, Adriano di St.Thecla’s “A Small Treatise on the Sects among the Chinese and Tonkinese”: A study of Religion in China and North Vietnam in the Eighteenth Century (Ithaca: Cornell Southeast Asia Program, 2002); Peter C. Phan, Mission and Catechesis: Alexandre de Rhodes and Inculturation in Seventeenth-century Vietnam (maryknoll, NY: Orbis Books, 1998); Brian Eugene Ostrowski, “The Nom Works of Geronimo Maiorica, S.J. (1589-1656) and their Christology”, Luận án Tiến sỹ (Cornell University, January 2006); Nola Cooke, “Strange Brew: Global, Regional and Local Factors behind the 1690 Prohibition of Christian Practice in Nguyen Cochinchine”, Journal of Southeast Asian Studies 39, 3 (October 2008): 383-409; Frédéric Mantienne, MGR Pierre Pigneau, Évêque d’Adran, Dignitaire de Cochinchine, Archives des Missions Étrangères, Études et Document 8 (Paris: Églises d’Asie, Série Histoire, 1999); Georges Taboulet, La Geste Francaise en Indochine, vol. I (Paris: Adrien-Maisonneuve, 1955); Micheline Lessard, “Curious Relations: Jusuit Perceptions of the Vietnamese” biên tập bởi K.W.Taylor và J.K.Whitmore, Essay into Vietnamese Pasts (Ithaca: Cornell Southeast Asia Publications, 1995), trang 137-156; Nicole-Domminique Le, Les Missions-Étrangères et le Pénétration Francaise au Viet-Nam (Paris: Mouton, 1975).



2 nhận xét: